自治州气象灾害应急指挥机构由州气象灾害应急指挥中心、州气象灾害监测预测应急办公室构成。
2.1 自治州气象灾害应急指挥中心
成立州气象灾害应急指挥中心，统一领导全州气象灾害应急处置工作。主要职责有：负责具体指挥和协调有关部门、单位和公众共同做好气象灾害应急工作；决定气象灾害应急重大事项。
指挥中心总指挥由州长担任，副总指挥由分管副州长和分管副秘书长担任。总指挥负责处置特别重大级（I级）、重大级（II）灾害应急，副总指挥负责处置一般级（Ⅳ级）和较大级（Ⅲ级）灾害应急。
指挥中心成员单位由州气象局、发改委、经信委、财政局、文化体育广电影视局、公安局、交通局、旅游局、民政局、水利局、国土资源局、卫生局、住建局、农业局、林业局、畜牧局、环保局、昌吉电业局、解放军（武警）驻昌部队、电信部门等组成。主要职责是：州气象局负责气象灾害预测、预报、监测、评估及气象服务和气象信息传输保障工作，为本级人民政府启动和终止气象灾害应急预案、组织气象防灾减灾提供决策依据和建议；负责突发性气象灾害的应急气象工作保障，加强和完善涉及气象服务保障支持、气象灾害监测、气象预警系统建设；州发改委负责协调安排防灾减灾工程建设和物资计划；州经信委负责组织电信运营企业，尽快恢复受损通讯设施。迅速启动应急通讯系统，保证救灾通讯畅通；州财政局负责安排和调拨防灾、抗灾经费、气象灾害监测、气象预警系统建设的资金支持；文化体育广电影视局负责及时向社会播发当地突发性气象灾害天气预报、警报和预警信号、可能产生重大影响的气象灾害警报（包括预警信号）和补充订正的气象预报，视情况增播和插播，及时、准确地向社会传播气象灾害的发生、发展和应急处置情况；州公安局负责维护受灾地区的交通秩序和社会治安秩序，确保物资运输及抗灾相关车辆的畅通无阻。协助有关部门组织群众撤离和转移，保护国家财产和群众生命安全；州交通局负责优先运送救灾物资、设备、药物、食品，及时抢修被毁的道路交通设施；旅游局负责做好各旅游景点游客生命财产安全；州民政局负责灾情普查、统计上报工作，负责接收、拨付救灾捐款物工作，确保灾民生活稳定；州卫生局负责防灾减灾受伤人员及灾民的医疗救护工作，负责灾后瘟疫的防治工作；州住建局负责保障供水、供气、供热等市政公用设施的安全运行； 水利、农业、林业、畜牧、国土资源、环保等部门根据气象灾害发生的情况，加强对气象因素引发的衍生、次生灾害的联合监测，及时提供水文、地质灾害、森林火灾、环境监测等相关信息，建立有效信息共享机制，并根据相应的应急预案，做好各项应急处置工作；电力、通信主管部门：组织做好电力、通信应急保障工作； 解放军（武警）驻昌部队：负责支援抗灾抢险工作，保护国家财产和人民生命安全。
