(三)产业发展与资金管理组：负责帮助指导阿克苏地区和兵团农一师(阿拉尔市)发展农业、生态、旅游等优势产业的工作；负责浙江企业和省外浙商到阿克苏地区和兵团农一师(阿拉尔市)投资兴业等相关协调服务工作；负责对口支援产业园区的推进工作；负责对口支援资金使用及年度使用计划建议方案编制；根据对口支援资金使用管理办法，做好对口支援资金使用监督管理工作；配合做好对口支援资金审计工作；管理省指挥部日常工作经费。
(四)专业技术人才管理组：负责协调智力支援工作，协调落实支教、支医、支农和专业技术人才的管理等工作。
(五)综合信息组：负责对口支援工作的统计汇总、信息报送和宣传报道工作，编辑对口支援信息。
三、运行机制
(一)组织领导机制。省指挥部在省领导小组和当地党委、政府的双重领导下开展工作。
(二)组织协调机制。(1)指挥长会议。由指挥长召集，党委副书记、副指挥长、组长以及各市分指挥长参加，研究对口支援的有关重大事项，协调解决重大问题；(2)专题协调会议。由指挥长、副指挥长或组长召集，研究对口援建有关专项问题，协调解决专项工作推进中的问题。
(三)工作责任机制。(1)实行指挥长总负责，党委副书记、副指挥长分工负责制。指挥长全面负责我省在阿克苏地区和兵团农一师(阿拉尔市)的对口支援实施工作，党委副书记、副指挥长按照分工协助指挥长做好相关工作；(2)各工作组按照工作职责，分别做好相关对口支援工作，向指挥长负责；(3)各部门和各地派出的对口支援工作机构和人员，在省指挥部的统一领导下，共同做好职责范围的对口支援工作。
(四)沟通联络机制。(1)通过省指挥部领导兼任当地党政领导等方式，加强与当地的联系和沟通；(2)通过及时报告对口支援工作的重大事项和报送工作信息的方式，加强与省领导小组的汇报和与省对口支援办的联系沟通；(3)通过省指挥部成员例会的方式，加强省指挥部各组和各市对口支援机构的沟通协调。
(五)制约监督机制。(1)建立公开透明的办事决策制度；(2)加强项目建设过程的监察工作； (3)强化资金运用的监督与审计。
(六)学习教育机制。(1)建立省指挥部党委中心组学习制度；(2)制定和落实《工作守则》等管理制度；(3)加强干部教育监督，及时组织援疆干部、专业技术人员开展政治学习、业务学习和廉政教育，努力打造一支“特别能吃苦、特别能战斗、特别能团结、特别能奉献”的干部队伍。
