各地（州、市）、县（市、区）按规定安排的新农合补助资金要在每年3月底前全部划入各统筹地区新农合基金财政专户中。
中央财政补助资金按照“年初预拨，年底结算”的方式在每年5月底前完成当年新农合补助资金的预拨，每年10月底前完成当年新农合补助资金的结算。根据各地截止当年2月底上报的参合人数，自治区财政补助资金在每年3月底前一次拨付到位。
新农合基金决算时间为每年12月31日。
四、筹资标准
逐步提高地方各级财政补助标准及农牧民个人筹资水平，积极探索建立稳定可靠、合理增长的筹资机制，增强新农合基金抗风险能力。从2010年起，新农合每人每年筹资标准不低于150元，今后随着新农合筹资标准的不断提高，基金的具体分配比例将相应调整。
五、基金用途
新农合基金只能用于参合农牧民医疗费用补偿和自治区深化医药卫生体制改革规定的补偿范围，不得用于应由政府提供专项资金的基本公共卫生服务项目的补偿（如计划免疫、预防保健、健康教育等）、经办机构工作经费和《自治区新型农牧区合作医疗基本药品目录（2010年版）》、《自治区新型农牧区合作医疗服务设施及诊疗项目目录（2010年版）》（以下简称“新农合目录”）以外的医疗费用等。
六、补偿模式
从2010年起，自治区新农合补偿模式确定为“住院统筹＋门诊统筹”补偿模式，凡实行“住院统筹＋家庭账户”补偿模式的县（市、区）必须在2011年前完成补偿模式调整工作。到2011年全区全面普及“住院统筹＋门诊统筹”补偿模式。
七、基金分类
基金分三大类：住院统筹基金、门诊统筹基金、风险基金。
参合农牧民个人缴费、中央及地方各级财政对参合农牧民的补助资金以及其他社会捐助资金全部纳入统筹基金。
（一）住院统筹基金。主要用于对参合农牧民住院可报费用达到起付线标准的补偿、门诊大病（重大慢性病）的补偿以及住院分娩的定额补偿。原则上住院统筹基金占提取风险基金后统筹基金的70%左右，由各统筹地区统一管理。
（二）门诊统筹基金。主要用于补偿参合农牧民普通门诊和一般慢性病可报医药费用的补偿，原则上门诊统筹基金占提取风险基金后统筹基金的30%左右，由各统筹地区统一管理。
