第三阶段：整改处理（5月16日－6月15日）。对在专项检查中发现的问题，对照相关税收政策和法律法规等规定进行处理。帮助被检查单位整改、健全、理顺帐务，提高纳税申报水平，对查处的偷税等违法行为进行处理，除采取补税、加收滞纳金外，并按照《税收征管法》的规定处以罚款。对偷税情节严重的单位和个人，将通过新闻媒体公开曝光，触犯刑律的依法移交司法部门追究刑事责任。
第四阶段：建章立制，总结上报（6月16日－6月30日）。各县市区地方税务局向市局专项检查领导组汇报专项检查成果，并总结分析当前行政事业单位税收管理方面和税收政策执行中存在的问题和漏洞，分析偷税、漏税行为发生的特点和手段，探索进一步加强管理的措施，切实起到以查促管、以查促收的效果。各级征收机关对应办理税务登记的行政事业单位，加强管理，限期办理税务登记手续，逐户建立纳税档案，进行有序管理。
六、资料报送
各单位要严格执行《一案三查三报告制度》，对在检查过程中遇到的问题、困难以及检查中发现的线索要及时向专项检查领导组汇报。
各单位于4月2日前向专项检查领导组办公室报送《行政事业单位、社会团体税收专项检查自查阶段汇总表》，每个阶段工作结束后5日内报送阶段工作总结，于2009年6月30日前报送《忻州市地方税务局行政事业单位、社会团体税收专项检查工作统计表》及专项检查工作总结，包括各类单位的专项检查分析报告。汇总统计要及时准确，相关材料要客观、真实地反映实际情况。上述资料一律采取电子方式上报，上报地址为“FTP：//134.52.22.1：8000/征管科/2009年资料/行政事业单位专项检查”文件夹下。
市局在《要情专报》上开辟“行政事业单位税收专项检查专栏”，集中报道反映各单位的开展情况和典型案例。各单位要指定专人，随时向市局办公室报送专项检查的工作动态、经验做法、典型案例及行业检查指南。
七、工作要求
1.提高认识，加强领导。认真组织开展对行政事业单位的税收专项检查，对于规范行政事业单位纳税行为，堵塞税收漏洞，整顿税收秩序，防范执法风险，增强地方税收等都具有重要意义。各单位要高度重视，充分认识此次专项检查的重要性，各县（市、区）地税局局长为这次专项检查工作的第一责任人，增强专项检查工作的责任心和紧迫感，确保专项检查取得成效。
