省财政厅的主要职责是：负责统筹安排工程所需资金，制定具体资金筹措方案，会同有关部门研究提出资金分配办法；指导督促各地财政部门积极落实本级工程专项资金；参与工程实施；加强资金监管，按照财政国库管理制度的有关规定，实行分账核算，专款专用，确保资金使用效益。
省住房城乡建设厅的主要职责是：负责做好工程实施的技术指导，明确相关适用规范标准，组织编印技术指南；组织技术力量做好校舍抗震安全排查鉴定工作，提供技术支持；协助组织对相关管理人员和工程技术人员进行业务培训；参加工程建设重大质量安全事故的调查处理工作，监督检查事故单位落实防范和整改措施的情况；指导、督促各地住房城乡建设部门积极参与、密切配合工程实施、加强对工程建设过程的质量安全监督管理。
省国土资源厅的主要职责是：负责为工程实施提供地质灾害分布情况；指导、协调和监督工程选址的地质灾害危险性评估；在严格执行国家土地政策的同时，协调工程建设用地；协调确需征用或者变更用地性质的项目；指导、督促各地国土资源部门积极参与、密切配合工程实施。
省水利厅的主要职责是：负责指导各地水利部门根据需求提供实施校舍安全工程所需的水情、汛情信息，提出应对措施和意见；为洪涝灾害易发区校舍选址提出防洪防涝要求；宣传防汛知识，提高学生和公众避险自救能力；督促各地水利部门积极参与、密切配合工程实施。
省地震局的主要职责是：负责为各市、县（市、区）提供地震重点监视防御区、七度及以上地震高烈度区、地震断裂带和地震多发区域分布情况；指导校舍加固改造工程、校舍建设选址；负责工程场地地震安全性评估的协调和技术指导，确定新建和加固改造校舍的抗震设防要求；指导中小学开展防震减灾知识普及教育，地震应急避险、自救互救培训和演练；督促执行建设工程抗震设防要求强制性标准和国家有关部门发布的《
汶川地震灾后重建学校规划建筑设计导则》；指导、督促各地地震部门积极参与、密切配合工程实施。
省公安消防总队的主要职责是：负责督促学校严格执行现行国家消防技术标准，并对工程消防设计、施工及消防验收进行技术指导；配合教育部门在中小学宣传、普及消防知识；指导、督促各地公安机关消防机构对校舍工程严格依法进行消防设计防火审核、消防验收或者备案抽查，并对校舍消防设施和器材进行监督检查，确保不留下“先天性”火灾隐患。
