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2、完善农村卫生管理体制。乡镇卫生院人员、业务、经费等划归县级卫生行政部门按职责管理，全面推行乡村卫生机构一体化管理。推进县乡医疗卫生机构纵向技术帮扶和业务合作，强化乡村卫生机构综合服务功能，从整体上提高农村卫生资源综合利用效益。
3、建立基本医疗服务规范。研究制定适应政府财力和农民群众需要的基本医疗服务项目，推广使用适宜技术、适宜设备、基本药物和中医药服务。开展示范乡镇卫生院建设活动，促进乡镇卫生院标准化建设，规范农村基本医疗服务，提升医疗服务水平。
4、落实基本公共卫生服务项目。落实国家重大公共卫生服务项目，扩大农村基本公共卫生服务项目和实施范围，积极推进建立农村居民统一健康档案，促进基本公共卫生服务覆盖农村居民。
5、建立基本药物制度。根据国家及省颁布的基本药物目录，实行基本药物集中采购和统一配送。积极争取各级政府财政的支持，建立基本药物配备与使用的经费补助渠道。基本药物全部纳入新型农村合作医疗报销范围，报销比例高于非基本药物。
6、建立合理补助政策。乡镇卫生院运行成本通过服务收费和政府补助补偿，其基本建设、设备购置、人员经费及其承担的公共卫生服务的业务经费按照政府核定的标准补助，医疗卫生服务价格按扣除政府补助后的成本制定，医务人员的工资水平要与当地事业单位工作人员平均工资水平相衔接。探索新农合支付方式改革，控制农村医药费用水平。
7、实行收支两条线管理。按照“核定收支、以收抵支、超额上缴、差额补助”的原则，乡镇卫生院年度收支全面纳入部门预算，实行县级卫生行政部门统一管理。探索农村医疗卫生机构收支两条线管理办法，建立适应本地区需要的收支管理模式。
8、加强卫生院长选用管理。制定卫生院长选用标准，明确院长任职资格，在全县或更大范围内公开选拔卫生院长。实行院长任期目标责任制，其工资待遇经县级卫生行政部门考核后由县财政发放，建立起责权利相一致的管理机制。
9、推进人事分配制度改革。探索建立与乡镇卫生院基本功能和经济社会发展水平相适应的人员编制标准。推行全员聘用制，严格岗位设置及管理，实行定岗、定编、定员管理，构建以主治（主管）医生为业务技术骨干的卫技队伍。改革收入分配制度，建立以服务质量和服务数量为核心、以岗位责任与绩效考核为基础的分配制度，对有突出贡献的技术骨干要提高收入水平。
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