第二阶段：2009年3月至2011年12月。
（一）调查摸底，明晰产权。以乡镇苏木、村组嘎查为单位查清集体商品林和公益林面积、林木数量、有林地面积、宜林地面积、经营形式、经营主体、是否发放林权证、参与林改户（人）数等集体林现状情况，并登记造册，作为集体林权制度改革的基础数据。在调查摸底的基础上，将本集体经济组织林地和林木现状在村组嘎查公示栏第一榜公示，公示内容要存档。
（二）实地勘查，明确四至。根据林改实施方案，由驻村工作组和村组干部组织技术人员、承包人到实地确定地块四至界线，绘制地块位置图，填写《林权登记申请表》，并将实地勘测地块位置、面积等结果登记造册后在本村组嘎查公示栏第二榜公示，做到公正、公平、公开。
（三）签订合同，承包到户。第二榜公示无异议后，按照《
农村土地承包法》和林改承包方案以及农业第二轮土地承包的政策，合理确定参与林改的户（人）数，由乡镇苏木政府或者村嘎查委员会与农牧户签订书面林地承包合同。林地的承包经营期限为70年，承包期内允许继承，承包期届满，可以由林地承包经营权人按照国家有关规定继续承包。林地承包经营涉及地上林木的，要根据林木状况和当地实际情况，把林木纳入林地承包程序同步操作。
（四）登记发证，明确权属。林地承包合同签订后，按照国家林业局《
林木和林地权属登记管理办法》规定，由承包林地的农牧户向所在旗市区林业局提出申请，乡镇或村委会在《林权登记申请表》签署意见、加盖印章，报所在旗市区林业局审核、登记造册，并由旗市区林业局对发放林权证的农牧户人员名单、面积、林木数量等情况进行公示。对公示无异议的，由所在旗市区人民政府颁发《中华人民共和国林权证》。
（五）保持稳定，完善原有承包。对已经承包到户或流转的集体林地和林木，符合法律规定和承包或流转合同规范的，要予以维护，承包或流转合同不规范的，要予以完善；不符合法律规定，农牧民意见大的，要依法纠正；对权属不清或有争议的，要依法调处解决，纠纷解决后再落实经营主体。
（六）完善材料，建立档案。林权证发放工作结束后，按照《关于加强集体林权制度改革档案管理工作的意见》，旗市区林业局要将《林权登记申请表》、《林权证发放登记表》等确权发证相关材料建立林权档案。对林权纠纷调处协议，要作为权属依据随林权档案存档。
