(十二)体育卫生艺术教育处
负责全区各类学校体育、卫生健康教育和艺术教育工作；拟定“体、卫、艺”教育教学指导性文件；组织、指导学校国防教育和大中专院校学生的军训、体育竞赛工作及艺术教育工作；组织编译、审定体育、卫生、艺术教育类教材和教辅用书。
(十三)外事处
负责我区教育方面的国际合作与交流；组织开展国际教育交流活动；负责我区教育系统出国人员及出国留学人员的审核、派出和出国后的管理工作；负责教育系统外国专家、外籍教师、来疆留学人员的审核与管理工作。
(十四)审计处
统筹协调和指导教育系统的审计工作；研究制定有关审计工作的规章制度；负责检查教育经费的管理和使用情况；负责审计委(厅)属普通高校和直属单位财务收支、财务管理情况。
机关党委：负责委(厅)机关和直属单位的党群工作。
自治区教育纪工委：是自治区纪律检查委员会的派出机构，与自治区教育厅纪检组、监察室一个机构三块牌子，履行纪检监察两种职能。负责委(厅)机关和直属单位的纪律检查和行政监察工作。
老干部工作处(县级)：负责委(厅)机关和直属单位老干部工作。
四、专项单独设置的机构
(一)新疆维吾尔自治区人民政府教育督导室(县级)：主要职责是代表自治区人民政府对下级人民政府贯彻执行党和国家教育方针、政策、法律、法规情况进行指导、监督、检查、评估。
(二)新疆维吾尔自治区学位委员会办公室(县级)：作为自治区学位委员会的专门办事机构，负责处理日常业务工作。
五、人员编制
自治区教育工委、自治区教育厅机关行政编制109名(其中教育工委15名)。教育工委领导职数5名，教育厅领导职数6名(含纪检组长)。教育工委书记由教育厅党组书记兼任，副书记3名(其中1名由教育厅厅长兼任)，教育纪工委书记1名(纪工委书记同时兼任教育厅纪检组长)。处级领导职数35名(含机关党委专职副书记)。
自治区教育纪工委(自治区教育厅纪检组、监察室)单列行政编制6名(不含纪工委书记)，处级领导职数2名。
老干部工作处单列编制5名，领导职数1名。
自治区人民政府教育督导室列事业编制10名，领导职数2名。
自治区学位委员会办公室列事业编制4名，领导职数1名。
教育系列职称改革专项事业编制6名，由组织干部处管理。
