2.先控制后规范原则。首先对同安湾和大嶝海域浅海养殖进行一次彻底、准确的普查登记，精确测量养殖面积，确定养殖种类和方式。在普查登记的基础上，根据养殖规划和规范管理的要求进行整改，符合养殖规划的规范养殖可依法发给养殖证。
3.养殖用海有偿使用原则。按照有偿用海的原则，区别不同养殖用海对象，分别制定并征收不同数额的海域使用金。（收费标准另定）。
4.先易后难原则。水产养殖规范管理工作牵涉面广，工作量大，为保证工作进度，不要因为个别的难点水域而影响整体的进度。
5.难勘测的养殖区处理办法。水域滩涂的登记普查原则上以养殖者为登记单位；如果遇到界限不整齐、界址不明确、插花地比较多等难以勘测的区域，可以以相对独立的片区为登记单位，推选代表或以村委会为登记人。此类水域滩涂登记时需附上所有养殖户养殖种类和面积清单，并经所有养殖者签名认可。
三、工作机构
水域滩涂水产养殖规范管理工作在厦门市浅海滩涂增养殖规范管理和清理整顿海洋渔船工作领导小组的领导下进行。在厦门市海洋与渔业局内设水域滩涂水产养殖规范管理办公室。办公室组成成员如下：
办公室主任：赵晓武（市海洋与渔业局副局长）
成员：洪跃家、李仁平、陈雄辉、王黎凡、池信才、林瑞才、林怀远、张熙荣、卢小宁和庄宏儒。
四、各阶段主要工作和要求
(一)动员部署阶段
1.市政府召开各区分管领导、各区渔业主管部门领导会议，进行总体动员部署。水域滩涂水产养殖规范管理办公室以会议形式举办培训，培训对象为各区工作组人员和镇骨干人员。培训内容为有关政策法规、普查登记方法和表格填写的说明。
2.各有关区、镇、村应成立水域滩涂水产养殖规范管理工作领导小组。各区召开镇、村工作会议部署养殖普查登记的具体工作。各区培训村镇工作人员。
3.市水域滩涂水产养殖规范管理办公室统一印制政策性宣传材料和普查登记办法分发各区。
各区渔业主管部门要利用各种宣传工具大力宣传有关政策文件和水产养殖规范管理的意义；
印发普查登记办法、表格范本和填表须知，营造贯彻法律、法规的氛围。
（二）普查登记阶段
1.浅海养殖普查登记。浅海吊养普查登记工作在原先工作的基础上，翔安区、同安区、湖里区、集美区和思明区在动员大会后要集中主要人力物力同步进行同安湾和大嶝海域浅海吊养普查登记。对登记后新增的网箱养殖进行调查统计。各区组织工作人员和养殖户到现场进行登记并绘制周边四至平面图。各区组织养殖户填写《海域使用登记申请表（水产养殖）》（以下简称《登记申请表》），一式两份。各村负责填写《海域使用登记（水产养殖）申请者基本情况调查表》（以下简称《调查表》）一式两份。登记后公布养殖户姓名、养殖面积和养殖区周边四至平面图7日，公告期内有异议的养殖区要由异议各方到现场指界，无异议的养殖区由各区进行勘测面积、制图、登记造册并报送市海洋与渔业局。
