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被告医药研究所在本案审理过程中提出，从1993年1月至2003年11月，被告为“鲑鱼降钙素”课题共支出各种款项总计2668226元。原告上海安信公司对此不予认可。
上述事实，有“克隆有鲑鱼降钙素基因的变铅青链霉素的构建方法”发明专利证书、国家知识产权局专利申请受理通知书、国家高科技研究发展计划（863计划）课题申请书、上海安信公司出具的“出资证明”、双方当事人签订的《基因工程鲑鱼降钙素菌种转让协议》、上海银行电汇凭证、医药研究所开具的发票、上海市浦东新区科学技术局发布的《关于下达二00三年度浦东新区科技专项资金项目（第一批）的通知》、医药研究所与华东理工大学阿华生物工程研究所签订的《基因工程鲑鱼降钙素的委托中试研究协议》及《基因工程鲑鱼降钙素委托中试保密协议》、以及双方当事人的陈述在案佐证。
本院认为，原、被告2001年9月29日签订的《基因工程鲑鱼降钙素菌种转让协议》是双方当事人真实意思表示，合同内容不违反法律的规定，该合同合法有效，双方均应遵循诚实信用的原则履行约定义务。
当事人互负债务，有先后履行顺序，负有先履行义务的一方未履行的，负有后履行义务的一方有权拒绝其履行要求。依照双方所签协议的约定，原告上海安信公司应首先履行向被告医药研究所支付160万元技术转让费的义务，但到目前为止，原告仅支付了80万元，即原告至今未履行完毕合同约定的义务。原告未向法庭提供充分的证据证明双方当事人在履行合同的过程中对履约条款进行了修改，因此，在原告未全面履行合同义务的情况下，其无权要求被告交付基因工程鲑鱼降钙素菌种、发酵条件工艺及纯化工艺全部技术资料。
原告上海安信公司指控，被告委托案外人华东理工大学阿华生物工程研究所进行基因工程鲑鱼降钙素的中试研究，实际上是违反了合同中的应由原告进行该项目中试的约定，已构成违约。对此，本院认为，首先，被告已将“基因工程鲑鱼降钙素的研究”申报了国家高科技研究发展计划（863计划），原告亦是该课题的联合申请单位，被告作为该课题的承担单位负有按时完成课题计划的义务，因此其必须保证研究工作持续进行；其次，原告已就“基因工程鲑鱼降钙素的中试研究”申报了上海市浦东新区科技专项资金项目，说明原告已经依据双方签订的协议从事相关活动；第三，原、被告所签合同的目的是转让基因工程鲑鱼降钙素的菌种、发酵条件工艺及纯化工艺全部技术资料，以及原告享有的“克隆有鲑鱼降钙素基因的变铅青链霉素的构建方法”发明专利的独家使用权，而被告委托案外人的事项是进行鲑鱼降钙素的中试研究，并且采取了较为严格的保密措施，该行为虽然与原、被告合同约定的内容不符，但并不损害原告依据合同取得鲑鱼降钙素菌种、技术资料及专利的独家使用权，即被告的相应行为尚不致产生合同目的不能实现的后果。因此，原告据此主张被告违反合同义务，要求解除合同，事实依据不足，原告要求被告返还技术转让费并赔偿损失的诉讼请求于法无据，本院不予支持。
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