（2）对采取代销形式的，向厂家取得的代销手续费是如何收取的，是否存在实际是买断关系却以代销入账。账面数与实际库存数是否相符，记账是否及时。是否存在红字库存的现象。
（3）门店实际销售的品种是否与账面相符，是否存在实际销售的品种明显多于入账的品种，是否存在直接在柜台接受委托代销的品种。
（4）企业是否按规定开具增值税专用发票；有无挂靠企业而不按规定开具增值税专用发票的行为。
（5）门店记录的销售清单与入账的数量品种是否相符，门店记录的销售清单是否全部入账或按规定保存。
（6）企业在采购环节是否按规定取得增值税专用发票，货款支付是否一致。
（7）是否存在多列支出的情况。是否存在明显与业务不相关的公关费用列支、销售费用、招待费用等支出；是否存在以虚开服务业的发票虚增成本、套取现金的情况；是否存在虚增人员工资、奖金套取现金的情况；是否存在以办公费用的名义开具发票套取现金的情况；是否存在以虚增广告支出的方式通过广告公司套取现金的情况。
（8）本行业外商投资企业所得税检查（参见本方案房地产业检查相关内容）。
二、食品药品生产加工业税收专项检查
（一）检查对象
食品生产加工业的检查对象，包括从事各类食品（含保健食品）、饮料（含纯净水、矿泉水）、酒及食用酒精等生产加工的单位和个人。
药品生产加工业的检查对象，包括从事各类中西药品（含保健药品）、药具（如注射器、避孕套等）、医疗器械等生产加工的单位和个人。
（二）检查年度
一般检查2005年至2006年两个年度税款缴纳情况，有涉及税收违法行为的，应追溯到以前年度。
（三）检查内容
1.增值税
（1）进项税额的检查。
①一般检查：被查对象取得的各类进项抵扣凭证是否符合政策规定的程序。重点审查取得增值税专用发票认证、入账和申报抵扣时限是否符合规定；农产品收购凭证、运输发票项目填开是否完整齐全。
②重点检查：一是检查申报抵扣进项税额的购进业务、价格是否真实，是否存在虚增进项税额的行为。重点了解被查对象的进货渠道，审查是否有真实的货物交易，是否真实结算，货款支付是否一致；是否存在接受虚开专用发票的问题；是否有虚构药材等农产品收购业务和价格、虚报收购数量的行为；取得运输发票的运输业务与销售购进货物的名称、数量是否匹配、吻合，有无取得虚开、代开运输发票抵扣进项税问题等。特别是其收购药材时，开具的农产品收购发票是否规范、金额及数量是否真实，是否存在虚抬收购价格、虚报收购数量的情况。二是有无擅自扩大进项税额抵扣范围的问题。购进固定资产是否抵扣进项税，重点审查购进的各种仪器、仪表、设备（如色谱仪、光度计、水控仪器等）是否达到固定资产标准；接受非增值税应税劳务取得增值税专用发票抵扣进项税；从非农产品生产者手中购进农产品填开收购凭证抵扣进项税；将不属于农产品的购进货物如药品生产企业购进人体血液时比照购进免税农产品抵扣进项税；从非运输部门取得运输发票抵扣进项税等。三是是否按照规定进行进项税转出。原材料、在产品、产成品发生的非正常损失，非生产部门、固定资产在建工程、固定资产改良、组装固定资产领用材料、免税产品耗用材料是否及时作了进项转出。
（2）销项税额的检查。
①应税收入的真实性、完整性检查。一是无偿赠送、发出试用样品、商品偿还债务、以物易物等行为以及各种价外费用是否按规定计提销项税金。二是有无利用往来账款隐瞒收入等问题。三是逾期包装物押金是否计收入。四是是否存在虚构退货业务收取现金不入账、是否存在现金收入不入账的情况。五是是否虚构接受委托加工业务，是否存在以代销为由对发出商品不入账、延迟入账。六是主要品种药品的库存，是否存在账实不符的情况。
②销货退回或折让的处理是否符合规定。重点审查是否存在虚构退货业务的情况；支付给药品经销商的销售折扣、销售折让是否按规定核算销项税金等。
③是否按规定开具增值税专用发票；有无挂靠企业并不按规定开具增值税专用发票的行为。开具的增值税专用发票，结算关系是否真实；是否存在药品销售集中在虚开增值税发票多发区而与实际的药品终端市场不符的异常情况。
④检查方法：一是重点抽查库存商品账，留意内容摘要有反映退货、调换货等易出问题的业务，审核是否存在收入未经销售账户核算，通过仓库直接销售商品，或用商品偿还债务，或以物易物等。二是重点察看往来账，在其他应收款、其他应付款发现疑点，审核企业是否存在销售货款、投资收益等长期挂账不计收益的问题。三是重点审查包装物。从企业外购铝塑板、包装盒、包装箱、瓶、袋、说明书等入手，审查其生产领用量与产品入库量是否相符。四是根据所用设备生产能力、运转时间、消耗电量等测算产量。
（3）免税药品的检查。检查免税药品（如避孕药品药具）是否分别核算，分别申报纳税。
2.企业所得税
（1）检查应税收入的真实性、完整性。一是确定收入的完整性，重点是各种主营收入、副营收入、营业外收入（包括各种形式的财政返还在内）、投资收益等是否全部按规定入账。有无故意压低售价转移收入的行为；有无将已实现的收入长期挂往来账或干脆置于账外而不确认收入的情况；新投产的企业或生产线在建工程试运行所得是否计收入。二是确定收入确认的合法性，检查药品销售收入、预售收入、视同销售收入，是否符合有关规定。
（2）税前列支与纳税调整的检查。一是是否存在虚开服务业发票虚增成本。二是是否存在虚增成本、人员工资、手续费或佣金、租赁费、其他支出等行为；重点检查销售部门的工资、提成、费用，重点审查费用单据的真实性。三是是否通过设立关联的销售公司、办事处，以经费、销售费用的名义虚列支出。四是结合行业特点检查各项准备金、风险金、管理费、业务招待费、财产损失、广告费、业务宣传费、捐赠支出等；重点检查企业差旅费、会议费、董事费的相关发票和证明的真实性；重点检查广告费和业务宣传费的划分是否准确，是否存在相互挤占的情况。五是是否存在超范围列支技术开发费问题。六是各种财产损失是否经过税务机关审批。七是固定资产计提折旧是否符合规定，按重估价值计提折旧的固定资产的重估收益是否申报纳税；是否混淆资本性支出与收益性支出，有无将改扩建及装修工程支出记入当期费用。
3.外商投资企业所得税（参见本方案房地产业检查相关内容）
4.个人所得税（参见高收入行业、高收入个人的个人所得税方案）
5.其他各税
三、餐饮业
餐饮业，属于服务业的一个分支，但根据国务院整规办的统一部署，税务总局在2007年继续开展“服务业娱乐业”税收专项检查的同时，将餐饮业单独列出进行税收专项检查。
（一）检查对象
餐饮业的检查对象，包括通过同时提供饮食和饮食场所的方式为顾客提供饮食消费服务业务的单位和个人。
（二）检查年度
一般检查2005年至2006年两个年度税款缴纳情况，有涉及税收违法行为的，应追溯到以前年度。
