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1、设立“中国科学院研究生奖学金”
从2001年开始，建立“中国科学院研究生奖学金”（以下简称：奖学金）。奖学金本着择优支持、严格评审的原则，用于资助在中国科学院攻读博士、硕士学位的优秀研究生。奖学金名额按基础研究、资源环境、高技术、新型、交叉及公益等学科进行分配，每年评审一次，次评审批准的有效时间为一年。原则上，年度奖学金的名额为全院在学研究生总数的20%。奖学金的评审组织工作由研究生院负责，具体评审工作在各培养单位进行。
在国家实行研究生收费制度前，继续保留执行教育部现行的研究生普通奖学金标准和实施办法。原有的中国科学院院长奖学金和各类冠名奖学金的申报、评审办法不变，这类奖学金今后统称为“中国科学院研究生奖励基金”。
2、全面实行“研究助理”、“管理助理”、“教学助理”制度
从2001年起，全面实行“研究助理”、“管理助理”和“教学助理”制度。各研究生培养单位应根据科研岗位的设置、科研项目的需要及科研经费情况，按照国际惯例，设立不同类别的研究助理、管理助理或教学助理岗位，自主确定岗位津贴标准。岗位可以是全职的，也可以是兼职的，实行按岗聘任，契约管理。
3、鼓励硕博连读的培养方式，加强课程体系建设，实行弹性学制和完全学分制
在全院具有博士学位授予权的基础性学科和有条件的研究所，继续鼓励实行硕博连读的培养方式，重新修订硕博连读的培养方案，切实提高博士生培养质量。
根据不同学科研究生培养方案的要求及研究生论文工作的情况，实行弹性学制。允许研究生学习期间休学创业，但累积学习时间硕士生一般不得超过四年，博士生一般不得超过六年。
采用国内外先进的创新人才培养模式和教学模式，引进、消化和吸收国内外高水平的优秀教材和课程设置，建立国际一流的研究生课程体系。
实行完全学分制。研究生的课程学习可以分散在其整个学习期间完成，不再统一规定必须在入学后一年内完成。但在申请学位论文答辩之前，必须按课程培养要求取得规定学分。
4、加强产学研结合，为社会培养更多的实用型高层次专门人才。扩大开放，鼓励接收外国留学生和港澳台学生到我院攻读博士学位。
结合与地方及企业的科技合作，有条件的研究所可为地方和企业培养各类研究生，开辟同等学力申请学位的渠道，推动实用型高层次专门人才的培养。
按照教育部有关接收外国留学生和港澳台研究生的有关规定，加强人才培养的国际合作，鼓励部分有条件的研究所招收外国留学研究生和港澳台研究生，使我院外国留学研究生和港澳台研究生的在学人数有明显增长，培养质量与国际水平相当。
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