各单位可将部分人事管理职能委托专门机构代理，逐步实现人事关系管理与人员使用分离。人事代理的内容可包括：档案管理、社会保险管理等。2001年选择部分单位先行试点，实行部分人事管理职能的委托代理。2002年起，逐步推开。到2005年，各试点单位实行人事代理的人员要达到50%上。
三、建立并完善国家科研机构新型分配制度
全面实行以绩效为主的“基本工资、岗位津贴、绩效奖励”三元结构分配制度，积极探索知识和技术要素参与分配的形式，形成国家科研机构新型分配模式。
（一）三元结构工资
对于不同性质的工作和岗位，应通过三元结构工资体现分配导向。从事基础研究的人员在三元结构工资中岗位津贴的比重应适度提高，以创造适度宽松的科研环境；从事战略高技术创新的人员强调以绩效奖励为主的分配导向，鼓励多承担国家重大任务；管理人员的收入应与研究所的整体绩效挂钩，加大对管理骨干的激励力度。
（二）协议工资
在有条件的试点单位，对各重点学科领域的高层次拔尖人才，试行“协议工资”制度。试点单位对引进的国外知名学者和重点学科领军帅才，可根据科研工作需要，参照有关政策规定和人才市场价格，适当考虑其在国外的实际收入，通过协商决定工资额度，并用合同或协议的形式予以确认。实行“协议工资”的单位必须制定“协议工资”实施细则。
（三）年功性津贴
在有条件的试点单位，对岗位聘任的科研和管理骨干，可根据考核结果，试行建立年功性津贴，其标准为本人岗位津贴的5%至10%，逐年递增。
（四）法定代表人年薪制
按照《中国科学院关于在知识创新工程试点单位试行法定代表人年薪制的暂行规定》（科发人教字〔2000〕0395号），继续扩大“法定代表人年薪制”试点工作。2005年在逐步完善的基础上全面推开。
（五）养老、医疗补充保险
有条件的试点单位，可为优秀科研和管理骨干建立补充保险，提高创新队伍的社会保障水平。
（六）探索前瞻性的激励机制
各试点单位可通过建立补充养老、医疗保险、股票期权、技术开发收入预分配等多种方式，对科研和管理骨干给予特殊的前瞻性激励。
四、加强优秀人才的引进工作
在进一步推进全院体制改革与机制创新的同时，把工作重点转移到吸引、培养和造就新一代科技帅才上来，加大吸引海外杰出科技人才回国和为国服务的力度。有目标、有重点地引进优秀人才，在优先发展领域、重要研究方向和新的学科生长点，形成具有国际竞争力的集群优势。
