七、财政部门是否可以预留项目工程尾款。基建财务制度规定建设单位必须按工程价款结算总额的 5％预留工程质量保证金，但没有明确财政性资金是留在建设单位账上还是财政国库上，各地可根据实际情况掌握；同时5％是最低比例，资金的具体预留比例和时间，有关各方可根据规定或合同(协议)确定。
八、项目存款利息的处理。项目存款是指建设项目的所有建设资金，包括财政拨款、银行贷款等，其产生的利息收入一律冲减项目建设工程成本。
九、非经营性项目建设期间的财政贴息资金如何处理。非经营性项目建设期间的财政贴息资金比照经营性项目建设期间的财政贴息资金处理办法进行处理，即冲减工程成本。
十、建设单位按规定留成的非经营性项目的结余资金，主要用于项目配套设施建设、职工奖励和工程质量奖，使用时，是否需报同级财政部门审批。
基建财务制度已明确建设单位留成资金的使用范围，财政部门可对其使用情况进行监督，但不必再进行审批。
十一、建设单位管理费开支的起止时间和计算基数。基本建设财务制度明确建设单位管理费是指建设单位从项目开工之日起至办理竣工财务决算之日止发生的管理性质开支。考虑到不少建设项目前期筹建期间管理性开支没有渠道，建设单位管理费修改为：建设单位从筹建之日起至办理竣工财务决算之日止发生的管理性质开支，建设单位管理费以项目投资总概算为计算基数。
十二、建设单位单项工程报废处理。建设单位单项工程报废是指建设单位原因造成的报废，施工单位施工造成的单项工程报废由施工单位承担责任。单项工程报废净损失按项目财务隶属关系由同级财政部门批准后，计入待摊投资。
十三、基本建设项目年度财务决算与竣工财务决算审批问题。
为减少审批，财政部对基本建设项目年度财务决算不再审批，地方或主管部门是否审批，由地方或主管部门自行决定；项目竣工财务决算按基本建设财务制度规定审批。
十四、经营性项目为项目配套的专用设施投资，产权不归属本单位的，如何处理。根据基本建设制度规定，经营性项目为项目配套的专用设施投资，产权不归属本单位的作无形资产处理。考虑到资产重复计算等因素，本次修改明确为：产权不归属本单位的，经项目主管部门及同级财政部门核准作转出投资处理。
