第二十四条 经必备条件审查或者发证检验不合格而不符合发证条件的，质量技术监督部门应当向企业发出《食品生产许可证审查不合格通知书》并说明理由。自《食品生产许可证审查不合格通知书》发出之日起，企业原《食品生产许可证受理通知书》自行作废。企业自接到《食品生产许可证审查不合格通知书》之日起，应当立即整改，2个月后方可再次提出取证申请。
第二十五条 国家质检总局收到省级质量技术监督部门上报的符合发证条件的企业材料后，应当在10个工作日内审核批准。国家质检总局负责公告获得食品生产许可证的企业名单。
第二十六条 省级质量技术监督部门根据国家质检总局的批准，应当在15个工作日内完成对符合发证条件的生产企业发放食品生产许可证及其副本的工作。
第二十七条 出口食品生产加工企业生产的食品在中华人民共和国境内销售的，应当按照本办法的规定，申请办理食品生产许可证。已获得出入境检验检疫机构颁发的出口食品卫生注册证、登记证的企业，或者已经通过HACCP体系认证、验证的企业，在申请食品生产许可证时，免于企业必备条件审查。
获得国家质检总局认定的食品认证企业，在申请食品生产许可证时，按照不重复的原则，简化或者免于企业必备条件审查。
第二十八条 食品生产许可证的有效期一般不超过5年。不同食品其生产许可证的有效期限在相应的规范文件中规定。
第二十九条 企业应当在食品生产许可证有效期满前6个月内，向原受理食品生产许可证申请的质量技术监督部门提出换证申请。质量技术监督部门应当按规定的申请程序进行审查换证。
第三十条 对食品生产许可证实行年审制度。取得食品生产许可证的企业，应当在证书有效期内，每满1年前的1个月内向所在地的市（地）级以上质量技术监督部门提出年审申请。年审工作由受理年审申请的质量技术监督部门组织实施。年审合格的，质量技术监督部门应在企业生产许可证的副本上签署年审意见。
第三十一条 食品生产加工企业在食品原材料、生产工艺、生产设备等生产条件发生重大变化，或者开发生产新种类食品的，应当在变化发生后的3个月内，向原受理食品生产许可证申请的质量技术监督部门提出食品生产许可证变更申请。受理变更申请时，质量技术监督部门应当审查企业是否仍然符合食品生产企业必备条件的要求。
