农业部黄渤海区渔政渔港监督管理局负责暂定措施水域和过渡水域管理的组织实施、现场指导和监督检查，并对我国渔船的生产情况进行汇总、统计和分析，东海区渔政渔港监督管理局协助。
沿渤海、黄海、东海各省（直辖市）、地（市）、县级渔业行政主管部门负责本辖区在暂定措施水域和过渡水域从事渔业活动渔船申请资格、渔船条件的审核，有关证件、材料的转发、发放和收集工作，并对申请人和渔船进行必要的指导和管理。
第四条 中华人民共和国渔政渔港监督管理局每年根据中韩渔业联合委员会商定的作业规模（作业类型、船数、渔获量等），确定下一年度我国渔船进入暂定措施水域和过渡水域的作业规模，并下达给黄渤海区、东海区渔政渔港监督管理局，由其分配给本海区有关省（市）。
第五条 凡需进入暂定措施水域和过渡水域从事渔业活动的渔船，必须由船舶所有人向其船籍所在地的县级渔业行政主管部门提出申请，并填写《中韩渔业协定暂定措施水域／过渡水域渔船作业申请表》（以下称《申请表》，格式见附件一）。
申请表由县级渔业行政主管部门审核、汇总后，逐级上报地（市）、省（直辖市）渔业行政主管部门审核，报所在海区渔政渔港监督管理局审批。省（直辖市）渔业行政主管部门负责对本省（市）渔船的申请作业规模进行控制，上报作业规模不得超过海区渔政渔港监督管理局分配的作业规模。
第六条 申请进入暂定措施水域和过渡水域从事渔业活动的渔船必须具备下列条件：
1、持有有效的渔业捕捞许可证书、船舶检验证书、船舶登记证书（或船舶国籍证书）、电台执照及其他必备证件。
2、适航航区在Ⅱ类以上，并处于适航状态，装备有全球卫星定位仪（ＧＰＳ）。
3、按规定配齐船员，职务船员应持有有效的职务船员证书。
第七条 经审查符合条件的渔船，黄渤海区、东海区渔政渔港监督管理局发给有效期为1年的专项（特许）渔业捕捞许可证（以下称《专项证》）。《专项证》由受理申请的县级渔业行政主管部门向申请人转交。转交《专项证》时，须同时发给申请人空白《中华人民共和国渔捞日志》（以下称《渔捞日志》，格式见附件二），并就《渔捞日志》的填写、收集、管理等对申请人进行必要的培训和指导。
