５、深化改革，对科技资源进行优化配置。 要进一步强化竞争机制，对基础研究机构的支持、研究课题的立项、学术带头人的选择、基础研究队伍的形成和成长，都要进行公开、公平、公正的竞争。国家财政将集中支持少数精干的、高水平的国家基础研究基地。要调整基础研究的组织结构和力量布局，促进科研部分、单位之间最大限度地开放。要充分发挥中国科学院和大学的作用。鼓励部门和其他科研机构从事应用基础研究。要打破封闭状况，促进人才流、信息流和物质流的畅通。鼓励中国科学院等系统的院、所，以多种方式同大学联合，促进有应用前景的基础研究与高技术研究、技术开发工作相衔接，使一批水平高、实力强的大学成为国家基础研究的重要基地。基础研究机构应安排相应的经费用于聘请国内外人员工作。为适应科学发展综合交叉的趋势，强化基础研究相关力量的联合和合作，国家将选择若干重点领域，对现有研究力量进行优化组合，有计划地建设一批国家科学研究中心。
６、加强对国家重点实验室、重大科学工程等基础研究基地的建设和管理。 建设国家重点实验室、重大科学工程和重点野外观测台站是国家加强基础研究的重要措施。要加强对国家重点实验室、现有国家重大科学工程和国家重点野外观测台站的管理，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。赋予实验室主任和学术委员会较大的自主权，加大对实验室仪器设备的投入。要调整国家重点实验室的布局，加大对现有重点实验室调整的力度，根据实际情况调整、合并、淘汰、重组水平低、运行差的实验室，新建一些国家发展急需和新兴、交叉学科方面的实验室。加强对部门开放实验室和地方重点实验室的宏观引导。通过建立虚拟实验室、网络实验室等形式，促进相关实验室之间的联合和合作。要加强对现有重大科学工程的管理，建立必要的考核、评估制度，充分发挥其作用。根据量力而行的原则，慎重选择目标，新建一些重大科学工程。在现有野外观测台站基础上，根据我国地域特点、区域代表性和学科代表性的需要，重点完善和建设一批能适应二十一世纪国民经济和科学技术发展需要的规范化、标准化的野外长期观测台站。加强野外观测台站的数据网络和科学数据中心的建设，逐步实现信息共享。
７、以人为本，建设一支优秀的基础研究队伍。 要花大力气培养、吸引、凝聚国内外优秀人才，全方位、多层次加强队伍建设。要用好现有人才，稳住关键人才，引进急需和顶尖人才，培养未来人才。要加快建立新的用人机制和激励机制，形成人才合理有序的流动，不断优化队伍结构。对现有队伍进行分流调整，择优支持一支精干、高水平的研究队伍、逐步提高科学家的工资待遇，使优秀科学家能够集中精力专心深入地从事某项科学研究工作。加大专项资金支持力度，实行特殊政策，大力培养和造就优秀学术带头人，特别是中青年学术带头人。从解决住房、建立实验室、配备助手等方面切实加强国际一流水平科学家的引进和配套支持工作，积极吸引国外高水平人才回国。要重视和加强试验观测和技术队伍的建设，使基础研究队伍形成合理的结构。大力加强对优秀科学家群体的支持。大力推行岗位聘任制，实行固定岗位与流动岗位相结合的用人制度，使流动人员与固定人员的比例达到１:１以上。
