２、加强基础研究和国家目标的联系，坚持“有所为，有所不为”。 我国基础研究的发展要加强国家战略需求和国际科学前沿的结合，攀登世界科学高峰，为国家经济、社会发展和国家安全提供战略性、基础性、前瞻性的知识人才储备和科学支撑。要遵循“统观全局，突出重点，有所为，有所不为”的原则。符合国家战略目标，关系国家安全和长远利益的科技领域，要坚持有所为；对经济和社会发展有重大影响，具有广阔应用前景的科学问题和关键技术，要坚持有所为；处于国际领先地位，在世界上占有一席之地的重点学科和科学工程，要坚持有所为。要瞄准世界科学技术发展前沿，选择农业、能源、信息、资源环境、人口与健康、材料等重点领域，集中必要的人力、财力、物力，开展多学科综合性研究。
要正确处理好一般和重点的关系。一般面上的研究工作应保证一定的量，面向广大科学家，环境要宽松，支持要稳定。对少数有基础、有应用前景的重大战略性研究和重大科学前沿，设立专项研究计划，明确目标，突出重点，精心组织，强化支持。
３、强化创新，提高我国基础研究的整体水平。 国家经济社会发展中一系列重大问题需要通过基础研究从深层次探求解决办法，增强中华民族的自主创新能力，掌握我国科技发展的主动权，需要基础研究在国家发展需要的一些重要领域提高水平，增强实力。要紧紧抓住新科技革命的良好机遇，建立信心，勇于创新，善于创新，争取在某些方面有所突破，后来居上。
创新是基础研究的本质特征。前沿探索性研究要创新，应用基础研究也要创新。要遵循科学创新的内在规律，鼓励和支持科学家提出新思想、新理论、新方法，树立牢固的创新思想，保持强烈的创新意识，切实提高创新能力，特别是原始性创新能力。要把是否有创新思想作为项目立项的首要标准，使我国基础研究实现从模仿、跟踪到创新的历史性转变。
４、加强学科建设，优化学科布局。 基础研究的发展有赖于学科的长期积累。要重视学科建设，完善和发展具有我国特色、符合当代科学发展趋势的基础研究学科体系。要充分发挥我国自然条件和传统学科的优势，稳步推进基础学科的发展。要破除学科壁垒和学科保护主义，大力推动和加强学科交叉研究，积极鼓励和支持新兴学科和交叉学科的发展，促进自然科学与社会科学的交叉融合，努力在世界科学前沿形成我国的新优势。
要大力加强基本科学数据积累等基础性工作，为国家若干主要领域的独创性和重大突破性研究，政府宏观决策和经济、社会可持续发展提供强有力的基础。
