根据上述职责，国家知识产权局设7个内设机构（副司局级）：
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密和信访工作；承担政策研究、政务公开以及局机关财务、行政事务等管理工作；组织开展知识产权宣传工作。
（二）条法司。
协调提出有关知识产权国际条约拟订、修改及有关知识产权对外谈判的方案；拟订有关专利的知识产权法律法规草案；提出修订
专利法、
集成电路布图设计保护条例和
专利代理条例及相关法规、规章的建议和草案。组织拟订专利等确权及侵权谈判标准；拟订专利代理中介服务体系发展的政策。
（三）保护协调司。
承担组织协调全国保护知识产权的有关工作；承担知识产权执法协作机制的相关工作，承办行政执法有关工作；承担实施国家知识产权战略纲要的有关工作。
（四）国际合作司（港澳台办公室）。
拟订知识产权涉外工作的政策；研究国外知识产权发展动态；承办统筹协调涉外知识产权的事宜；承办专利工作的国际联络、合作与交流活动；承办涉及港澳台的专利及有关的知识产权事项。
（五）专利管理司。
拟订和实施专利管理工作的政策和措施；拟订规范专利技术交易的政策；指导和规范知识产权无形资产评估工作；指导地方处理和调解专利纠纷、查处假冒他人专利行为和冒充专利行为。
（六）规划发展司。
组织拟订全国专利工作发展规划；制定局系统的财务、物资、基建计划；指导和监督全国专利信息公共服务体系建设工作；承担专利统计工作；指导和监督直属单位的财务和国有资产管理工作。
（七）人事司。
承办机关和直属单位的干部队伍建设及有关人事管理、机构编制事项；拟订有关知识产权的教育与培训工作规划；承担机关离退休干部工作。
机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
三、人员编制
国家知识产权局机关行政编制为85名（含两委人员编制3名）。其中：局长1名、副局长4名，正副司长职数19名（含机关党委专职副书记）。
