少数民族在各级人民代表大会有充分代表权。为切实保障少数民族的权利，在自治区各级人民代表大会代表中，少数民族代表的比例都高于同期少数民族人口在新疆各地区人口中的比例约4个百分点。在历届全国人民代表大会的新疆代表中，少数民族代表所占名额的比例，都在63%以上，均高于同期在全疆人口中所占的比例。
少数民族使用发展本民族语言文字的自由和权利得到充分尊重和保障。自治区政府于1988年和1993年相继颁布了《新疆维吾尔自治区民族语言使用管理暂行规定》和《
新疆维吾尔自治区语言文字工作条例》，进一步从法律上保障了少数民族使用本民族语言文字的自由和权利。无论在司法、行政、教育等领域还是在政治和社会生活中，少数民族语言文字都得到广泛使用。自治区机关执行公务时，同时使用两种以上语言文字；各自治州、自治县机关在执行公务时，也同时使用自治民族的语言文字。少数民族有权使用本民族的语言文字进行选举或诉讼。新闻、出版、广播、电影、电视广泛使用民族语言文字。新疆人民广播电台用维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、柯尔克孜等五种语言广播，新疆电视台有维吾尔、汉、哈萨克等三种语言的频道节目，维吾尔、汉、哈萨克、柯尔克孜、蒙古、锡伯等各民族都有本民族文字的报纸和书刊。
少数民族的风俗习惯受到充分尊重。少数民族的风俗习惯与群众生产生活息息相关，与宗教信仰密切相联。为尊重少数民族风俗习惯，中央和自治区人民政府颁布了一系列规定。为保证少数民族特别是信仰伊斯兰教民族特需食品的供应，人民政府颁布法规，采取了一系列具体措施，要求大中城市和有穆斯林群众的小城镇保持一定数量的清真饭馆； 在交通要道以及有少数民族职工的单位，设立“清真食堂”或“清真灶”；供应穆斯林群众的牛羊肉，按照其习惯进行宰杀与处理，并单独储运和销售；各少数民族在自己的传统节日，如“古尔邦节”和“肉孜节”期间，都能享受到法定的节日假期和节日特殊食品的供应；在有土葬习俗的少数民族中，政府不推行火葬，并采取划拨专用土地、建立专用公墓等具体措施予以保障； 对一些带有宗教色彩的民族风俗习惯，如婚丧仪式、割礼、起经名等都不加限制。
少数民族教育水平不断提高。新中国成立后，为改变少数民族教育十分落后的情况，采取了一系列措施，把发展少数民族教育事业作为教育工作的重点，在发展规划、资金投入、师资培训等方面对少数民族教育给予重点和优先的安排与扶持。为改变牧区民族教育落后的问题，投巨资在牧区建立寄宿制学校，对牧区寄宿制学校和中学、大中专院校的少数民族特困生设立助学金，如2002年资助寄宿制学校免费课本1200万元、助学金3000万元；对南疆少数民族聚居的和田、喀什、阿克苏和克孜勒苏柯尔克孜自治州等四个地州义务教育阶段中小学生实施免费教育，延长义务教育时间，使少数民族学生接受九年至十二年的义务教育。对其他一些边境县和贫困县的少数民族中小学免除学杂费和课本费。全疆单独设置的民族中小学5882所，占全疆中小学总数的69%。同时还有不少学校实行民汉合校。目前，全区已形成结构合理、多层次办学、协调发展的少数民族教育体系。到2001年，小学适龄儿童入学率已达97.41%，初中达82.02%。在高等学校招生考试中，根据目前生源的实际情况，对少数民族考生采取降低分数线的优惠政策等。
少数民族传统文化得到保护和光大。新疆各族人民创造了丰富多彩的传统历史文化，为中华民族文化的发展作出了独特的贡献。自治区政府有计划地组织对各少数民族文化遗产进行搜集、整理、翻译和出版的工作，保护少数民族的名胜古迹、珍贵文物和其他重要历史文化遗产。自1984年以来，自治区古籍整理办公室已搜集少数民族古籍5000多册，整理出版100多部。濒于失传的十一世纪喀喇汗王朝的两部宏篇巨著《福乐智慧》和《突厥语大词典》，在政府的大力支持和各族学者的长期共同努力下，于二十世纪八十年代翻译、出版了维吾尔文译本，之后又出版了汉文译本。对在中国少数民族三大英雄史诗中产生于新疆蒙古族和柯尔克孜族的《江格尔》和《玛纳斯》两部史诗的搜集、整理、翻译和研究取得了很大成就。被誉为维吾尔族“音乐之母”的维吾尔族大型古典音乐套曲“十二木卡姆”，在新中国成立前已濒于灭绝，新疆地方政府将其列为重点抢救的艺术品种组织力量搜集、整理。现在，“十二木卡姆”已由半个世纪前仅有两三个艺人能够较完整地演唱，发展到成立木卡姆艺术团、木卡姆研究室，并广泛演唱。历史悠久的民族传统体育项目得到发扬光大，如叼羊、赛马、摔跤、射箭等十分普及，为群众所喜爱；维吾尔族的传统体育项目达瓦孜（高空走绳），近年来享誉国内外。
对少数民族实行宽于汉族的生育政策。根据计划生育国策，新疆维吾尔自治区人民代表大会结合具体情况，制定了《新疆维吾尔自治区少数民族计划生育暂行规定》，实行少数民族可宽于汉族的生育政策，保障了少数民族人口的增长，并使得新疆少数民族的人口自然增长速度高于当地汉族的人口自然增长速度。2001年少数民族人口自然增长率为13.04‰，汉族为8.25‰。1953年全国第一次人口普查时，新疆的少数民族人口为454万人；2000年第五次人口普查时，新疆的少数民族人口达到1096.96万人。
宗教信仰自由得到尊重和保护。新疆少数民族群众大多信仰宗教，有的民族群众性信仰某种宗教，如维吾尔、哈萨克、回等民族群众性信仰伊斯兰教，蒙古、锡伯、达斡尔等民族群众性信仰佛教。各民族人民宗教信仰自由的权利得到充分的尊重，正常的宗教活动都受到法律的保护。新疆现有宗教活动场所2.4万余座，其中伊斯兰教清真寺23753座；宗教教职人员2.68万人，其中伊斯兰教教职人员2.65万人。政府每年还拨专款用于维修重点寺院教堂，仅1999年中央政府就拨款760万元人民币用于重修乌鲁木齐的洋行大寺、伊宁拜图拉清真寺、和田加麦大寺。
宗教界人士享有充分的参政议政权利。目前，在各级人民代表大会、政治协商会议担任职务的新疆宗教界人士有1800多人，其中在全国人大的1人，全国政协的4人；在自治区人大的有21人，自治区政协的27人。他们代表信教群众积极参政议政，并对政府贯彻宗教信仰自由政策进行监督。为保证宗教人士正常地履行教务，政府对一些生活困难的宗教人士，发放一定的生活补助费。
