但是，毒品案件在适用法律等方面的问题原本较多，一部分老问题因认识不统一或者不成熟而未得到有效解决，而新情况、新问题不断出现，故当前毒品案件审判工作中仍存在不少需要解决的法律适用、政策把握等方面的问题。
例如，关于制造毒品的认定。
《大连会议纪要》扩大了制造毒品的认定范围，规定以改变毒品成分和效用为目的，用混合等物理方法加工、配制毒品的行为，也属于制造毒品，从而有效增强了对制造毒品犯罪的打击力度。但实践中犯罪分子制造毒品的手段不断翻新，近年来又出现了其他制造毒品的情形，对此是否认定为制造毒品，有一定争议。如，将海洛因和地西泮、曲马多等溶液按一定比例进行勾兑，然后制成针剂。虽然这种加工方法很简单，且针剂中海洛因含量很低，但针剂中的勾兑液仍具有毒品的功效，且客观上大大增加了毒品总量，并更易于传播、扩散，危害很大，故应当认定为制造毒品。
再如，关于毒品含量鉴定。
刑法第
三百五十七条第二款规定“毒品的数量……不以纯度折算”，体现了严厉打击毒品犯罪的立法精神。但是，毒品的纯度不同，社会危害程度也有一定差别，有的案件中毒品掺杂后毒品含量仅为千分之几，甚至更低。完全不考虑毒品的纯度，实践中容易造成量刑不平衡和罪责刑不相适应。这一点在司法部门和理论界均有广泛共识。鉴此，
《大连会议纪要》提出，对涉案毒品可能大量掺假或者系成分复杂的新类型毒品的，应当作出毒品含量鉴定。但由于该纪要只是法院系统的规范性指导文件，对侦查、检察机关没有直接约束力，落实起来难度很大。对此，最高人民法院将继续加强同最高人民检察院和公安部的沟通，力争联合制发相关规范性文件。
又如，关于主观明知的认定。走私、贩卖、运输、非法持有毒品的犯罪嫌疑人、被告人到案后否认明知是毒品的情形，实践中屡有发生。为准确有力打击毒品犯罪，《
办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》和
《大连会议纪要》均以列举方式对明知的认定作了规定。但是，如何正确理解和执行这些规定，实践中有一定分歧，在有的案件中已经较为突出地体现出来，影响了法律适用的统一性和打击毒品犯罪的力度。对此，需要进一步规范毒品犯罪主观明知的认定，既要防止客观归罪，也要防止轻纵犯罪。考虑以推定方法来认定主观明知，与有证人证言、同案被告人供述证实或者被告人本人供认明知等情形有所不同，下一步制定相关规范性文件时，可以考虑规定，对于通过推定来认定主观明知的，判处死刑立即执行要特别慎重。
