制约畜牧业发展的贷款难、用地难、粪污处理难等问题还没有解决的有效办法。规模化畜禽养殖企业由于缺乏有效抵押担保物和经营风险大等原因，获得贷款比较困难，资金普遍短缺。一些地方未将畜禽养殖用地视为农业用地管理。畜牧业规模化养殖的粪污处理成本较高，企业不愿投入，政府没有引导性政策，解决此类问题还没有破题。
（二）畜产品价格和供求关系起伏较大
2008年下半年以来，畜产品价格持续下降。今年上半年，畜牧业产品价格同比下跌12.7%，其中生猪价格同比下跌22.1%，奶产品价格下跌12.8%，毛绒类产品价格同比下跌13.9%。检查组在地方了解到，不少生猪养殖户已经处于亏损状态，一些地方每出栏一头肥猪亏损100多元。尽管7、8月份畜产品价格有所回升，但属于恢复性上涨，仍低于去年同期水平。在畜产品价格下跌幅度较大的情况下，有些地区出现宰杀母猪和奶牛现象。畜产品价格下行传导到饲料行业，饲料销售量降价跌。
这次畜产品价格波动大，是多种因素造成的：一是受国际金融危机影响，畜产品出口下降，一些畜产品（如奶粉）在国际价格下降的情况下进口增加较多。二是国内经济下滑，畜产品消费疲软。三是受甲型H1N1流感等疫情和“三鹿”奶粉等畜产品质量安全事件的影响，消费者信心尚未完全恢复。四是2007年猪肉价格快速上涨，刺激了畜产品生产，生产能力阶段性过剩。
目前，促进畜牧业稳定健康发展、防止供求关系过度失衡的政策支持保护体系还不健全。除生猪外还没有防止其他畜产品价格过度下滑的政策措施，调节畜产品供求关系的收储政策和体系也不完善。
（三）畜产品质量安全监管和动物防疫任务艰巨
从监管对象和防控环境看，畜牧生产分散，饲养环境差异较大，管理水平参差不齐，质量安全管理环节多，国内外动物疫情复杂，发生重大动物疫情的重大隐患依然存在。一些地方反映，当前非法使用瘦肉精等违禁药物、兽药残留超标等问题尚未得到有效遏制。从队伍体系和手段看，畜牧业管理、服务和执法力量比较薄弱，畜产品质量安全标准不够完善，质量安全检测和动物疫病监测基础设施不健全，不少县（市）不能按要求开展质量安全检测检验，还没有全面实现从生产到餐桌的全程监管。此外，动物疫病防治技术和药品研发推广水平与防疫需要不相适应。
（四）畜牧业生产方式比较落后
畜牧业发展的规模化、标准化以及组织化程度较低，不少地方畜牧业产业化经营发展较慢，生产、加工、流通各环节的利益分配不尽合理；畜禽良种化水平不高，主要畜禽品种的种源仍依赖于国外进口；畜禽遗传资源保护形势严峻，由于缺少财政投入和基本建设投入，部分国家级重点保护品种和大多数省级保护品种没有保种场或保护区，现存的大多数保种场经费不足，保护手段落后，部分珍稀地方畜禽遗传资源濒于灭绝的边缘。
三、建议
