(2)案件事实的确立阶段
认定犯罪的第二个思维环节是根据第一个思维环节认定的证据确立案件事实。这个思维环节的主要任务是通过证据的中介作用，运用归纳和综合的逻辑方法，接近认识、客观存在的、已经成为历史的、与案件发生发展过程本身同一的案件事实。司法人员在司法实践中，不可能直接认识案件的发生发展过程，而只能根据认定反映案件发生发展过程的证据材料确定案件事实，然后再根据这种为证据证实的案件事实来认定犯罪，也就是说有证据证明的案件事实最终将成为认定罪与非罪的根据。因此，这个思维环节也很重要。前面探讨认定犯罪的思维对象，已经指出这种根据刑事证据认定的案件事实，形式上虽然是主观的，但内容上，却是客观的。根据这种案件事实来认定犯罪，一般来说是可靠的，但是，如果司法人员在主观认识上出了问题，没有正确认定案件事实，则极可能导致不能正确认定犯罪的后果。为了能够正确地认定案件事实，必须掌握科学的逻辑方法，特别是归纳和综合的逻辑方法。
(3)初步判断案件事实是否为犯罪事实阶段
通过审查判断证据和认定案件事实两个思维环节，认定犯罪的思维主体就可以根据初步确立的案件事实进行认定犯罪的第三个思维环节：初步判断初步确立的案件事实是否为犯罪事实。马克思说过：“法律是普遍的，应当根据法律来确定的案件是单一的。要把单一的现象归结为普遍现象就需要判断”。在这一思维环节里，认定犯罪的思维主体需要的正是这种从单一现象到普通现象的判断。其主要内容是确认行为人的行为是否为刑法所禁止。如果行为人的行为刑法没有明文禁止，那么就应该推定为无罪；如果行为人的行为刑法明文禁止了，则应初步断定认定的案件事实为犯罪事实，并根据刑事规定和司法实践通认行为实施某行为所涉嫌的罪名，至此，这一思维环节便告一段落。
(4)理解和确定法定犯罪构成的阶段
根据认定犯罪第三个思想环节的判断结果—行为人实施某行为所涉嫌罪名，可以找出与认定该犯罪有关的全部法律条文。这些法律都是认定该罪有关的，实质上就是该罪的法定犯罪构成要件。认定犯罪的第四个思维环节，就是根据涉嫌的罪名找出法定犯罪的构成并对每个具体的构成要件进行正确的理解和界定。法定犯罪构成要件既包刑法总则中规定的条文，也包括刑法分则中规定的条文，准确把握这些条文既是司法解释的任务，也是注释刑法学的任务，更是司法工作者的任务。认定犯罪的思维主体特别是司法工作者，必须正确地理解每条具体的法律条文及其司法解释，准确地把握其适用对象和适用范围，对不够明确的法律条文，不够清楚的司法解释，必须充分发挥主观能动性，从法理学理上，进行界定和澄清，以达到最佳的执法效果。应该说，这一思维环节最能反映司法工作者的执法水平。
(5)全面审查和判断案件事实及其证据的阶段
认定犯罪的第五个思维环节是根据法定犯罪构成，核查根据刑事证据推定的案件事实是否涵盖了全部犯罪构成事实要素，主要是分析案件事实是否具有主体、客体、主观方面、客观方面的要素，考究认定这些事实要素的证据是否达到了一定的标准，或者说是否确实充分。这个思维环节的根本任务，在于对案件事实和证据进行全面的审查和判断，只要求弄清案件事实要素是否齐全，证据是否确实充分，而不必考虑是否与法定犯罪构成相符合。如果认定的案件事实没有涵盖全部犯罪构成事实要素，特别是主要的事实要素，那么应该认定案件事实不够清楚，须查清尚不清楚的要素事实，并取得足够的证据。如果认定主要犯罪构成要素事实的证据没有达到必要的标准，也就是说尚不确实充分，那么应该认定定案证据不足，需予补充侦查，取得足够证据。如果在法定时间内，无法查清有关主要犯罪构成要素事实，无法取得足够的证据，那么应该根据法律规定撤案、不诉或判决无罪，终止诉讼。如果案件事实清楚，证据确实充分，那么就可以进入认定犯罪的最后一个思维环节了。
