早期的鉴定结论的分歧及其矛盾主要集中在人身伤害的法医鉴定事项。为了减少公检法机关鉴定机构之间因人身伤害鉴定的互相排斥，缓解人身伤害鉴定在医学问题上的争执，立法机关基于专门性知识（技术问题）的考虑选择了在公检法部门之外新设鉴定机构的思路。于是，1996年刑事诉讼法第120条修改将“人身伤害的医学鉴定”结论有争议的重新鉴定权授予了“省级人民政府指定的医院”。在诉讼中，省级人民政府指定的医院既不拥有任何的诉讼职能，也不隶属于任何诉讼职能部门，相对职能部门所属的鉴定机构来说，在诉讼地位上具有“中立性”；从医学技术方面来看，医院对“人身伤害的医学问题”相对职能部门内设鉴定机构来说具有更强的专业能力，作出的鉴定结论更具有可靠性。这种从专门知识的角度进行的鉴定机构设立尽管属于常人的思路，但在司法鉴定制度建设上却获得了意想不到的“收成”，诞生了中立的、能够与职能部门鉴定机构抗衡的、并具有补充功能的社会性鉴定机构。然而，这一制度上的变化因触动了职权部门的权力与利益，并未能得到有效地实施。其结果是，职能部门所属鉴定机构不仅“对人身伤害的医学鉴定有争议需要重新鉴定”依然进行，而且对“医学鉴定”和“法医学鉴定”产生了不同的认识。[9]因医院鉴定侵蚀了职能部门所属鉴定机构鉴定的权威，特别是医院作为鉴定机构能够为当事人获得鉴定结论提供可能并被利用质疑职能部门鉴定的时候，职能部门必然会纠缠于放逐的鉴定权限，不断借助职权威力强化所属鉴定机关鉴定的权威性，再加上鉴定的决定权由职能部门垄断，司法实践中呈现出“多龙治水”而又“洪水泛滥”的难堪“景象”。这些问题的出现又促使立法机关与职能部门联合再次提出解决该问题的具体化方案。[10]
刑事诉讼法和有关解释对鉴定问题的专门性规定，并未能消解实践中存在的“重复鉴定”、“多头鉴定”以及“久鉴不决”的现象，特别是医院作为鉴定机构加入公检法职能鉴定“内讧”以及对他们的冲击，使得问题向重症化的复杂态势蔓延。一方面，省级人民政府指定医院没有鉴定的资质标准及其鉴定的程序性要求，被指定的医院作为鉴定机构还是由医院内设鉴定机构也不明朗。一旦省级人民政府指定的医院进行重新鉴定作出的鉴定结论与职能部门所属鉴定机构的结论不同而存在争议，再次进行鉴定仍应由省级人民政府指定的医院进行。这种仅仅依靠再次鉴定来解决鉴定问题的简单逻辑必然使鉴定不断“重复”地在“多个”鉴定机构“漂流”。另一方面，有关部门“人身伤害的医学鉴定有争议需要重新鉴定或者对精神病的医学鉴定”存在问题的主要原因是最高人民法院、最高人民检察院、司法部、公安部对人身重伤、轻伤标准规定不明或存在不同理解引发的，在没有触及这些问题的情况下通过增加鉴定机构来解决鉴定争议问题是无济于事，也是徒劳无益的。其结果只能是加重问题的程度。尽管刑事诉讼法第120条的修改带来了一些司法鉴定制度上的意外收获，这种收获因出于强化鉴定专业技术意图设立而制度上的问题不可能得到重视，同时鉴定纷争中的技术问题仅仅是一种表象，其表象的背后是制度性的鉴定机构的资质、鉴定人资格、鉴定实施标准与规范缺失的使然，其问题需要制度性的建设来添补，因此刑事诉讼法在此方面的作用也就微不足道。为了维护司法鉴定的正常工作秩序，自1998起部分省市开始制订有关司法鉴定问题的地方性法规。[11]1999年国务院的“三定”方案赋予了司法部“指导面向社会服务的司法鉴定工作”的职能。[12]司法部在2000年出台了《司法鉴定机构登记管理办法》、《司法鉴定人登记管理办法》、《司法鉴定许可证管理规定》以及《司法部关于组建省级司法鉴定协调指导机构和规范面向社会服务的司法鉴定工作的通知》等规章、规范性文件。“面向社会服务”的鉴定机构为当事人获得鉴定结论提供了条件，也为当事人寻求对抗公检法机关鉴定机构提供了鉴定资源，使得职能部门所属的鉴定机构在受到不同职能部门相互排斥的同时，还要面对社会鉴定机构的责难，其原有的绝对的权威性受到重创。“面向社会服务”的鉴定机构因其冲击了公检法机关垄断鉴定的惯性传统，亦遭到公检法机关的质疑，并引发了法院与司法行政部门司法鉴定管理权归属的纷争。
