当然，适用简易程序中常常会遇到一些案件，公诉机关指控的犯罪事实较清楚，但民事损害的事实较复杂，如交通肇事案件，其赔偿主体会涉及肇事者和车主以及车辆挂靠单位等，其中包括自然人和单位，而有时挂靠单位因故不能到庭参加诉讼等。就这类案件，依照民事诉讼法的规定，其民事诉讼本身亦不能适用简易程序，故依法应转为普通程序审理。
此外，对涉及未成年人犯罪的公诉案件，如果被告人的年龄身份有争议，可能影响定罪量刑的；人民检察院发现被告人有新的犯罪事实需要追加起诉一并审理的，笔者认为，上述情形都应当视为“其他依法不应当或者不宜适用简易程序的”，依法转为普通程序审理。
六、修改后简易程序适用疑难问题探讨
1、独任审理的简易程序案件，发现被告人应当被判处三年以上有期徒刑的，是转化为合议庭审理的简易程序，还是普通程序。在独任法官适用简易程序审理案件时，发现被告人应当被判处有期徒刑三年以上，是否需要转化为普通程序审判。笔者认为，首先需要穷尽多种可能，即是否具有本节已阐述过多种无需转化的情形，然后视情处理。有一种观点认为，只需转为合议庭审理，仍旧适用简易程序，因为除被告人将获刑罚超过有期徒刑三年以上外，其他均符合适用简易程序的条件。另一种观点认为，刑诉法修正案规定两种审理组织，如果出现被告人的刑期确需判处三年有期徒刑以上，为保证适用程序的公正，宜转为普通程序审理。笔者认为，可转为合议庭仍旧适用简易程序审理。
2、中级人民法院受理的案件，如被告人“认罪”，且尚不够判处无期徒刑以上刑罚的，是否仍可适用普通程序简化方式审理。从刑诉法修正案看，立法实际上在适用范围上，将原有的简易程序与两高适用两简程序的执法意见合二为一，也就是说，对基层法院审理的案件适用的程序只有简易程序和普通程序，不存在普通程序简化审的问题。另从立法原理而言，刑诉法修正后，相关冲突的执法意见要被废除。但是，司法实务中，有部分控方起诉至中级人民法院的案件最终可能不够被判处无期徒刑的，对于这部分案件而言，如果被告人“认罪”，是否仍然可以适用上述两高制定的普通程序简化审规定，值得商榷。一种观点认为，从刑诉法管辖规定而言，除非是移送管辖，其他案件是不存在上述可能的，因为，中级人民法院的级别管辖是危害国家安全案件；可能判处无期徒刑、死刑的普通刑事案件，一般不包括被判处有期徒刑的案件。但危害国家安全案件中有判处有期徒刑可能的，这部分人即使认罪，一般均不宜适用普通程序简化审。同时，刑诉法司法解释规定，人民检察院认为可能判处无期徒刑、死刑而向中级人民法院提起公诉的普通刑事案件，中级人民法院受理后，认为不需要判处无期徒刑以上刑罚的，可以依法审理，不再交基层人民法院受理。由此，不排除中级法院有部分案件判处有期徒刑的可能。这部分案件如果仍在中级法院审理，而被告人认罪的，却无缘简易程序，将失缺一种获得从轻处罚的权利，会造成于不同审级的法院在量刑上的失衡。所以，司法实践中，这部分案件如果被告人“认罪”，也可以移送至基层人民法院审判，因为适用简易程序的，对被告人可以从轻处罚。此外，如果中级人民法院保留普通程序简化审的方式，会与刑诉法修正案的立法修改原意相悖，同时造成两级法院适用的审判程序不一。另外，实务中，即使因上述原因而留在中级法院审理的，往往数额大、或后果严重、或情节恶劣，实际以普通程序简化审理的适用率也相当低。另一种观点认为，建议最高人民法院司法解释仍然保留在普通程序中适用简化审审理方式规定。简化审的原理是基于被告人对证据、事实和罪名的理性自认。由于被告人的自认，使得控辩双方对证据、事实和罪名的争辩消失，庭审对抗性消解，作为案件基础的证据获得合法效力，所以庭审程序，尤其是证据调查程序可以简化进行，适用前提是决定以简化方式审理前，应当向被告人释明有关法律规定、认罪和适用简化审理可能导致的法律后果，确认被告人是否自愿同意。如此，简化审不是一种程序模式，而成为一种审理方法。笔者同意第一种观点。
