2．犯罪主体过窄
根据现行《刑法》的规定，非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的犯罪主体都是国家机关工作人员，单位不能构成。这种关于犯罪主体的限制导致实践中绝大多数非法批准征用、占用土地和非法低价出让国有土地使用权的行为无法人罪，因为这两种行为往往是政府部门经集体决策以单位名义作出的，检察机关要证明个人构成本罪十分困难。
3．一些具体规定的司法认定较为困难
首先，非法批准征用、占用土地罪混淆了“征收”与“征用”的关系，按罪刑法定原则无法对非法批准征收土地行为定罪。征收与征用是两个完全不同的概念，征收是国家以行政权取得集体、单位和个人的财产所有权的行为，征收集体土地意味着集体土地所有权由集体所有转为国有。但征用并非如此，征用是国家强制使用单位、个人的财产，按照《物权法》第44条的规定，只能因抢险、救灾等紧急需要才实施，征用不改变集体土地的所有权性质，国家在征用结束后应将土地返还给农民{7}。实践中经常发生纠纷的是土地征收而非土地征用，非法批准征收土地行为的危害性也要比非法批准征用土地行为大，但严格依据罪刑法定原则，对非法批准征收土地的行为，不能以非法批准征用、占用土地罪定罪处罚。
其次，非法低价出让国有土地使用权罪的“低价”难以认定。不同地区、不同地段的地价是不同的，地价本身也分为公告基准地价、市场评估地价和招拍挂地价，该罪笼统规定非法低价出让国有土地使用权、情节严重的行为属于犯罪，却未明确界定所谓“低价”的具体标准，给司法实践的认定带来困难。尽管最高人民法院《关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》规定，具有以下两种情形之一的，以非法低价出让国有土地使用权罪定罪处罚：出让国有土地使用权面积在30亩以上，并且出让价额低于国家规定的最低价额标准的60％的；造成国有土地资产流失价额在30万元以上的。但直到2006年《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》（国发（2006）31号）才宣布建立工业用地出让最低价标准统一公布制度，目前对非工业用地仍无“国家规定的最低价额标准”，这给司法适用带来了极大的困难。同时，该司法解释规定的第二种情形仍然难以认定{7}54。
最后，在非法转让、倒卖土地使用权罪中，非法转让、倒卖两种行为界限模糊。从字义上理解，倒卖实际上也是非法转让的一种。但无论是土地管理法规，还是《刑法》以及相关司法解释，均没有将非法转让、倒卖土地使用权这两种行为方式予以明确界定和区分，甚至难觅“倒卖”二字踪影。这无疑对司法实践正确定罪量刑带来了极大的困难{8}。
综上所述，正因为我国现行《刑法》规范关于破坏土地资源个罪的规定存在诸多缺陷，司法实践以其定罪量刑的情形非常少，使刑法对土地资源未能起到应有的保护作用。根据最高人民法院的统计，2000年至2005年，涉土地犯罪案件全国仅727件，其中非法占用耕地案件最多，共448件，占61．6％；非法转让、倒卖土地使用权案件次之，共223件，占30．7％；非法批准征用、占用土地较少，只有56件{9}。
