（二）刑事法网不够严密
近些年，随着房地产市场价格的上涨，土地资源成为各类资本竞逐的对象，在国家加强宏观调控的同时，土地违法犯罪的形式也逐渐多元化，现行刑事法网不够严密的缺点也日渐暴露。
首先，地方政府的违规土地管理行为大量存在，刑法却置身度外。本来政府应当在土地资源的保护中起表率作用，但有些地方政府为追求GOP和财政收入的增长甚至个别领导的政绩，片面扩张建设用地，大肆实施违法违规行为，这些行为包括以租代征（当前违法用地的主要形式）、滥用公共利益征收土地、违规出让土地使用权等。这些行为虽不属于刑法调整的范围，但其破坏了国家的最严格土地管理制度，并成为社会不稳定因素的诱因，社会危害性非常严重，非刑法规范难以遏制，应将其纳入刑事法网。
其次，在实践中，有些破坏性开发、利用土地的行为对土地质量造成严重损害，恶化生态环境，刑法未介入调整，使生态环境形势面临严峻考验。
最后，非法占用农用地罪的保护对象仅限于农用地，而不包括非农用地，违反土地科学。土地是一个整体，土地生态平衡是相互影响、相互作用的，对非农用地违反其自身规律而随意开采、滥用，会造成土地沙化、水土流失等，相应地会影响到农用地的正常使用。如果把刑事保护的范围扩大到整个土地，会更有利于土地生态的保护{3}94。
（三）个罪缺陷
1．入罪门槛过高
首先，根据《刑法修正案（二）》的规定，非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。构成该罪不仅要求“数量较大”，而且要求“造成耕地、林地等农用地大量毁坏”，因而系结果犯。有学者认为，构成本罪不需同时具备这两个条件，具备其一即可构成{5}。笔者认为，此种理解不符合法条表述的本意。《刑法修正案（二）》在本罪的罪状表述中，对“数量较大”与“造成耕地、林地等农用地大量毁坏”的关系，未使用“或者”这样的关联词，表明二者并非选择关系，必须同时具备方可。从国际环境刑法的立法趋势来看，大多数国家基于保护环境的立场，将破坏环境的行为设定为危险犯或行为犯。我国刑法将非法占用农用地罪规定为结果犯，使大量非法占用农用地的行为非犯罪化，不利于保护土地资源，也与国际立法趋势相悖。
其次，我国《刑法》第410条规定：“国家机关工作人员徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权，非法批准征用、占用土地，或非法低价出让国有土地使用权，情节严重的，处……”这表明，非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪以徇私舞弊的犯罪动机作为犯罪构成要素。鉴于本罪已有“情节严重”的入罪门槛，此处关于“徇私舞弊”的规定不仅多余、不规范，而且给司法认定和证明带来困难，以致检察院的工作人员因此感慨：“这一条的最大弊端在于把应作为加重处罚条件的‘徇私舞弊’，作为构成犯罪的必备要件和限制条件，与第397条的立法原意相矛盾，违反了罪刑相适应原则，这就必然束缚了对此类犯罪的认定和处理，造成大批此类严重违法者无法被追究刑事责任。这不能不说是立法上的重大疏漏和缺陷。”{6}
