《里斯本条约》在许多领域扩大了有效多数表决机制的适用，从而确保将来欧盟的决策过程不会因为个别国家的不同意见而停滞不前。除了税收、社会安全、外交政策以及共同防务之类的敏感事项和领域，因其国家主权性质明显，各成员国仍保留否决权和自主权，必要时仍然使用全体一致表决原则，这充分考虑了各国自身的利益。《里斯本条约》在实行双重多数表决的领域方面有了进一步拓展，除了原有的63个方面以外，新增33个实行双重多数表决的领域，主要涉及欧盟理事会的选举、部长理事会人员的构成、外交和安全事务高级代表的任命、欧洲防务代理处的立法及运行、建立稳定合作、接受新成员国、成员国退出欧盟的申请以及公民提出立法建议的条件和程序等。[12]
在特定多数决方面，《里斯本条约》规定从2014年11月起，需满足双重多数，即同时包括55%的成员国多数和65%的欧盟人口多数；为了避免少数大国凭借人口优势阻挠决策，条约还规定阻却此多数的少数必须至少包括四个国家。简而言之，如果持反对立场的少数不足四个国家，则即便特定多数没能满足65%的欧盟人口，也将被认为成立。
《里斯本条约》还新增了两种采取特定多数表决机制的例外情形：（1）欧盟理事会在欧盟外交事务与安全政策高级代表提案的基础上通过一项制定欧盟行动或立场的决定——高级代表提案遵照欧洲理事会自发或经高级代表倡议而作出的具体请求；（2）除第31条第2款中的例外规定之外，欧洲理事会可以全体一致方式作出决定，规定欧盟理事会应以特定多数方式采取行动。这两项例外在实际应用中不可避免得先经过全体一致方式作出“是否有效多数决”，通过之后才能进入真正的例外程序。[13]
（五）调整和理顺内部关系，营造和谐欧盟
在欧盟这样庞大的组织和结构内部，决策机构的效率往往取决于内部利益与权利的平衡。欧盟扩容后，大小国之间、新老成员之间、各种政治势力之间、欧盟与成员国之间、成员国之间、欧盟机构之间以及欧盟与民众之间的关系平衡和协调显得尤为重要。对此，《里斯本条约》作了适当的调整和改进。
第一，在成员国扩大范围之后所面临的一个紧迫问题是，大国们开始担心他们的利益会被数量上占优势的小国阻断，小国则担心大国在幕后操纵欧盟的决策。为了缓和这样的矛盾，《里斯本条约》规定了到2017年3月底的这段时间内，各成员国仍以现行的特定多数程序进行表决。该条约还要求即便已经达到特定多数的场合，当少数一方的成员国数量和代表的人口达到某个比例时，理事会应尽可能地协调立场而避免强行投票表决。正是这种多数程序的设计和实施日期的推迟起到了平衡的作用，在改善与缓冲成员国矛盾方面起着关键作用。
第二，在处理成员国与欧盟的关系上，《里斯本条约》强调了授权原则、辅从性原则与相继性原则，并以此作为处理欧盟与成员国之间职能和权利分配的准则。改写后的《马斯特里赫特条约》[14]中规定了“欧盟的职能不得超过条约的授权范围，欧盟的扩权仅限于必须在欧盟一级采取行动的场合，欧盟权利的行使不得超越实现目标所以需的限度”。在《马斯特里赫特条约》“关于民主原则的规定”中，引入一项新的规定，要求委员会在向理事会与欧洲议会提交立法建议时，同时送交各成员国议会，由后者审议提案是否符合辅从性和相称性原则。[15]不仅如此，《里斯本条约》还在《罗马条约》中增加一编，将欧盟职能区分为专有的权力、与成员国分享的权力、协调成员国行动的权力、支持和补充成员国的权力等类型，并作了详细的列举。上述改革的举措势必有助于化解成员国对权力愈来愈向欧盟集中的担忧。
第三，《里斯本条约》对欧洲公民参与欧盟各项立法和决策提供了广泛的方式。以往欧盟与普通民众的关系一直是欧盟体制的一个“软肋”，民众无法参与也无法了解到欧盟的政治过程。这也解释了为什么民众总喜欢把对欧洲政局的不满归结到欧盟身上，成为民众发泄对国内政策不满的“出气筒”，先前欧盟《宪法条约》被投票否决就是个很好的例证。[16]而《里斯本条约》提高了决策的透明度，规定理事会在审议和表决立法提案时，必须对公众开放，同时还增加了民众的参与度。在公众参与方面，《里斯本条约》引入了一个新的规定，即如果有百万之数的公民提议某项立法要求，委员会则必须做出反应，起草和提交相关立法提案。[17]也就是说，如果欧洲公民能够从成员国收集到100万人签名，则他们有权向委员会提出立法动议。
