他接着说：“可是，尽管作了这种调整意见的努力，上司与检察官的意见仍不一致时，怎么办呢？首先，如果上司的指挥违背了法令，就可以不服从这种指挥是当然的。此外的场合，检察官应该向上司要求行使事务承继和移转权。上司在有关处理具体案件的方针上，即使与主办检察官的意见不同，但在应该尊重检察官的良心这一点上是不应该有分歧意见的，所以，对该案件通过上司的亲自处理，或者让其他检察官处理的方法，当可解决上司的指挥监督权和主办的检察官良心的矛盾。”[6]
可见，伊藤荣树的意见是，在上司的指挥与检察官的意见不一致，而检察官拒绝接受上司的意见时，可以由上司接替亲自办理，或者把这个案件交给另一个检察官办理的办法来解决。但是，还有可能发生另一种情况，即上司拒绝行使事务承继和移转权时该怎么？伊藤荣树不同意法学家伊东胜的意见。伊东胜在《检察厅法精义》一书中提出，对上司的指挥监督虽然不容许积极的不服从（对起诉命令作出不起诉处分，或对不起诉命令作出起诉处分），但容许消极的不服从（对起诉命令拒绝作出起诉处分，对不起诉命令拒绝作出不起诉处分）。理由是如果消极的不服从也不容许的话，就等于是否定检察官职务的独立性。伊藤荣树则认为：“只要上司有指挥权，主办本案的检察官就有应该按照上司的指挥处理的义务，假如在不服从指挥时，无论是积极的不服从还是消极的不服从，从不履行义务，扰乱了检察事务的统制上讲，并没有任何差异，全都是构成惩戒的理由。所以作为主办本案的检察官来说，为保卫自己的良心，就应该辞去其官职。”[7]
伊藤荣树还认为：“检察官根据检察一体原则，虽然要服从上级的指挥监督，但每个检察官到底是作为独立的官厅来行使有关检察事务的权限的，所以即使没有接受上级的裁决而开始侦查，或者上级指挥作出不起诉处分而决定起诉，根据情况虽然可以成为身份上惩戒的对象，但其侦查和起诉不能认为是违法的、无效的。当然，在起诉书上没有批准印章和官厅印章是不能影响起诉效力的。但是与此相反，即使根据上级的指挥，作出了与自己信念不同的处理，也不准许以依照上级命令为理由而逃避应承担的责任。也就是说，检察官以自己的名义并由自己负责来处理分配给自己的检察事务的，这是根据检察官职务的独立性作出的当然结论。”[8]
从上述事例中可以看出，当检察官与上级在案件的处理决定上发生意见分歧不能统一时，有四种办法可供选择。一是请求调换工作，让别的检察官接办。二是拒绝接受上级的命令，依自己的意见办理，宁可受惩戒。三是提出辞职。四是放弃自己的意见，按上级的命令办理。由于日本是把检察官作为独立的“官厅”，检察官自己有独立行使职权的权力。检察官以自己的“良心”作出的决定，或者说检察官没有接受上级的命令，坚持按自己的意见作出的决定，从法律上说也不能认为是无效的。相反，检察官放弃自己的意见，完全按照上司的命令作出决定，由于是以检察官的名义作出的，如果该决定有错误，检察官也不能逃避责任。这是由检察官职务的独立性产生的当然结论。我国的情况与日本不同，实行检察机关独立行使职权，有关决定是以检察机关和检察长名义作出的。似乎检察官自己可以不承担责任。而实际上工作都是由检察官负责进行的，如果发生错误，不能认为检察官就没有责任的问题。检察官必须对法律负责，对人民负责，认为上级的决定对案件事实的认定或法律的适用有错误，应当坚持原则，不应盲目服从。即使为此受到惩戒处分，甚至丢官弃职，也在所不惜，这才是彻底的秉公执法。如缺乏坚持真理的勇气，专心地执行上级的错误决定，无论这个决定是以集体还是个人名义作出的，都不能推卸责任，该承担什么责任就应承担相当的责任。当然，如何分清责任，如何分担责任，仍是一个值得仔细研究的问题。日本法学家的一些认识和作法可供我们研究中参考。
