由此而提出两个问题，一个是实行检察一体原则下如何建立检察官独立负责制。检察一体的组织体制会使检察官独立行使职权的权限受到一定的限制，但决不是说可以放弃建立检察官独立负责制。上级的指挥，组织上的协调，是为了更好地完成检察工作的任务，而并非可以不要或减轻检察官对其所承办的案件应负的责任。也不是根本上不要检察官独立行使职权。任何过分限制检察官独立行使职权的权力，必然导致检察官独立负责精神的压抑，这对于正确执行法律，提高办案质量同样是不利的。因此，必须寻找检察一体原则下的检察官独立负责制，形成两者互相促进，而不是互相排斥。根据我国检察制度的特点，历来注重检察机关集体行使检察权，强调集中统一，更有必要在实现检察官独立负责、充分发挥其积极主动精神方面采取具体措施，建立和完善相应的制度。近年来我国检察机关推行主诉检察官制，赋予主诉检察官一定的独立决定权力，是一个好的实验。
另一个问题是，由实行民主集中制，强调集体领导带来的检察官个人责任不清的问题，影响办案责任制的建立和错案责任追究制的执行。根据历史经验和法律规定，检察机关实行民主集中制，重大案件和重大问题由集体讨论决定，这对于正确执法是需要的，尤其在当前情况下它有利于对检察官个人的监督。但集体领导不能代替或否定检察官的个人责任制，两者不能偏废。不应强调集体领导而放弃办案个人负责制的建立。也不能建立办案个人负责制而排斥集体领导，应当使两者恰当地结合起来，实行在集体领导下的办案个人负责制。集体领导为个人负责办案起指导作用，该由检察官个人承担的责任仍应由检察官自己负责。为此，除提高对建立办案责任制意义的认识外，应研究建立和完善办案责任制的具体办法，明确划分检察官的权限范围及其责任，使之制度化，便于遵守执行。这亦是实现司法公正所不可缺少的。
在建立和完善检察官独立负责制方面，主要从我国的实际出发，总结自己的实践经验，但对外国的经验也值得研究和借鉴。因为在实行检察机关或检察官独立行使职权的原则下，都会碰到领导与检察官之间发生矛盾的情况。同样有一个如何认识和正确解决的问题。这里我转引曾担任过日本检事总长伊藤荣树对处理此类问题的一些看法，也许有助于我们对这个问题的思考。他说：“对检察官来说，与审判官不同，他们有义务应该服从检察官一体原则，特别是应该服从上司的指挥监督。但是，有一个服从上司的指挥监督与服从自己的良心的调和问题。例如，关于自己完成侦查，确信当然应该起诉的案件，要求上司批准，受到上司作出不起诉处分的指挥时，或者对自己出庭的第一审案件的判决，虽然认为没有上诉理由，而上司作出要提出上诉的指挥时，该检察官是应该服从上司的指挥呢，还是应该按照自己的信念处理，无视上司的指挥呢？”
伊藤荣树认为：“当然，在这种场合，检察官应就自己的信念和造成这种信念的理由，充分地向上司陈述意见。上司也要虚心地说明否定检察官处理意见的理由，谋求调整相互的意见，这是首先应持的态度。这种在批准时调整意见的必要性，在一般行政机关当然也是有的，但因为对检察事务来说，最终的处理不是以上司的名义，而是以每个检察官的名义进行的，所以应该说调整意见的必要性格外大。而且，日常发生的上司与检察官的意见分歧，也几乎都是用这种方法解决的。”
