从近期发生的几起冤假错案来看，导致公检法机关与案件结局发生利益关系的因素大致有以下几种：一是公安机关在案件尚未经法院作出有罪宣告之前，即对侦破案件的有功人员进行所谓的“立功嘉奖”，并对此进行公开的媒体报道和舆论宣传。一些地方公安机关举行所谓的“公开逮捕大会”，将犯罪嫌疑人公开予以“妖魔化”，造成既定的“定罪事实”。结果，检察机关、法院即便发现案件存在事实不清、证据不足的情况，也很难再改变公安机关确定的结论。二是公检法机关在案件尚未产生生效有罪裁判的情况下，即对所追缴的赃款赃物进行实质性的处理，要么上交财政部门，然后通过按比例返还的方式，将赃款赃物转化为本单位的办公经费，要么直接将赃款赃物据为己有或者据为己用。三是每年年终举行的绩效考核，以后一机关处理案件的结果来评价前一机关办案人员的成绩。例如，对侦查人员的考核，要以检察机关侦查监督部门的批捕率和批捕数为标准；对侦查人员和批捕人员的考核，要以公诉部门的不起诉率为标准；对侦查人员、批捕人员和公诉人的考核，要以法院的有罪判决率为标准；对下级法院法官的考核，要以上级法院发回改判和改判率为重要标准，等等。四是现行国家赔偿制度，确定了所谓的“赔偿义务机关”，使得法院的生效判决成为确定公安机关是否存在“错误拘留”、检察机关是否存在“错误逮捕”甚至下级法院是否“错误定罪”的主要依据。“赔偿义务机关”制度的存在，造成国家赔偿变成事实上的“部门赔偿”，法院一旦作出无罪判决，将会直接带来公安机关、检察机关承担一定的国家赔偿责任，甚至就连负责办案的警察、检察官也会受到“责任倒查”和“错案责任追究”。杜培武、佘祥林和赵作海案件已经被确定为“冤假错案”，当地对负责办案的侦查人员、公诉人乃至审判人员所进行的责任追究，就充分证明了宣告无罪对地方公检法机关乃至办案人员如同一场可怕的梦魇。
四、法院选择“疑罪从有”的内部原因
以上所讨论的是阻止法院选择无罪判决的法院以外的几个因素。但是，外部的干预、影响和制约并不是造成法院难以选择“疑罪从无”的全部原因。在法院动辄做出“疑罪从有”之裁判的现象背后，其实还存在着法院和法官自身的原因。
从杜培武、佘祥林、赵作海案件的审判情况来看，第一审法院的开庭审判几乎是流于形式的，第一审法院根本不可能发挥纠正错误、防止误判的作用。由于公诉方主导了整个第一审程序，法庭普遍奉行案卷笔录中心主义，对于案件事实的调查都采取了宣读、出示案卷笔录的方式，法庭上几乎没有任何证人、鉴定人、被害人出庭作证，也几乎从来没有侦查人员对其侦查程序的合法性出庭作证。法庭还奉行有罪供述笔录中心主义的理念，对于被告人庭前所做的有罪供述笔录，即便被告人当庭作出了否认、辩解，法庭也通常优先采纳庭前供述笔录。在此情况下，所有当庭翻供都变得毫无意义，所有为无罪辩护采取的行动都对法官没有任何影响。法庭审判就是一种对侦查过程和侦查结论的审查和确认过程。
