其次，多数侦查系统兼具侦查及其他职权，如监狱承担着在押犯的教育改造等职能，公安机关承担着维护治安和社会稳定等职责。职责的多样化，意味着国家对该系统的资源配置不限于侦查资源，还包括完成非侦查任务的各类资源。以公安机关为例，与繁重的社会公共管理职责相对应的是庞大的分支机构设置、人员配备以及财力支持。由于公安机关的多数职责都与侦查工作有着密切联系，比如社区警务、日常巡逻等，都可以成为抓获现行犯或者获取各种侦查线索的重要手段，再加上公安管理的准军事化特性，因此一旦侦查机构所属的公安机关负责人重视侦查工作，则侦查将获得额外的巨大人力、技术支持乃至政策倾斜，侦查效率将获得极大提高。客观而言，被纳入“全国公安一盘棋”体系的公安侦查部门从公安整体协作中获益良多，特别是在全面推动公安信息化（包括侦查信息化）建设的背景下，整体协作的地位和作用更显突出，效率呈现倍增态势。当然，这种现状也兼具对侦查工作不利的因素，出于完成公安机关其他勤务之需要，侦查工作不可避免会受到各种人为的干扰，侦查人员被临时抽调从事非侦查勤务如接访、安全保卫等现象并不鲜见，一些特殊侦查手段也有被滥用至其他警务或非警务活动的风险。
再次，各侦查系统的侦查力量具有不平衡性，但互不隶属，在侦查权能上是平等主体。从整体上讲，公安机关承担了绝大多数案件的侦查任务，其他侦查主体仅在各自领域内对数量有限的特定案件行使侦查权。相应地，国家在公安机关的人力、物力、财力等配备也是最为强大的。不过，这些主体相互之间没有隶属关系。刑事诉讼法第4条规定“国家安全机关依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权”，第225条规定“军队保卫部门、监狱办理刑事案件，适用本法的有关规定”，等等，都足以说明这些主体是平等的侦查主体，对自己所管辖的案件进行侦查时所享有的实际权能也相差无几。虽然检察机关有权对其他侦查主体的侦查活动进行监督，但从事监督时的检察机关是以法律监督机关而非侦查机关身份出现的。
侦查主体在侦办案件时的独立性和平等性，是摆脱外界干涉和实现权责自负的重要保障，但在实际运作过程中很难避免出现一些问题。例如，公安机关受理的案件中，有时涉及检察机关管辖的案件，而检察机关立案管辖的案件也往往涉及应由公安机关管辖的案件；又如公安机关在办理经济犯罪案件时，往往能够发现贿赂罪的证据线索等等，根据刑事诉讼法的有关规定，应该按照移交程序处理，即使不出现“该交不交、自行处理”或“不及时移交”等违法现象，这种移交程序本身就延误了调查取证的最佳时机，加上官僚主义作风日盛，给各自工作带来一系列难以挽回的消极影响。[4]
