行政审批存在的问题在于：分割部门利益。一些具有管理、经营双重职能的部门，如交通、铁路、民航、银行、保险等，为了维护本部门的垄断利益，不断提升“准入”条件，以排挤竞争对手。民营企业在海洋开发等本已开放的产业领域中遇到的“玻璃门”现象就是一个例证。2010年国务院颁布了《国务院关于鼓励和引导民间投资健康发展若干意见》，从实施情况看，这个文件只不过是民营企业的一个“画饼”而已。地方利益保护。一些地方政府利用“红头文件”设置准运证、准销证等行政审批项目，排挤外地优质产品进入本地。如有的地方规定，购买本地三力机车有限公司生产的摩托车的给予上牌照，购买外地厂家的则不予上牌照。
制度是为人办事用的，原则上是越简单越好。现在所谓的“制度创新”，需要我们警惕一种不好的倾向：巩固和扩大部门利益，或者人为堆砌制度，以为制度越多越好。好的制度是低成本运作的制度。如果一个企业经营者需要花大量的时间与政府打交道，比如说应酬，那就说明我们的制度是有问题的，而不仅仅是一个政府管得太多的问题。虽然自2001年以来行政审批制度改革一波接一波，从公开的报道看，行政审批制度改革也是硕果累累，但是，这些仅仅出于行政机关单方面的“报喜”，却不能否定从个案中暴露出来的“寻租”等事实的大量存在。一些党政领导干部利用手中的行政审批权，以权谋私，权钱交易，这几乎成为每一个走上犯罪道路的领导的基本规律。行政审批改革不能止于取消了多少审批项目，而是应当摒弃承载于行政审批之中的权力观念。
为什么行政审批项目一批又一批取消，但一个又一个静悄悄地重新“上岗”呢？根本原因是“管”字当头的权力观念病灶在现有体制中不断复发。当然，这样的现状与中国政府主导型的改革之间具有相当密切的关系。当政府控制了改革进程之后，一切旨在削减（弱）政府权力的改革方案经常在政府工作的流程中被梗死。政府职能的转变，在相当程度上取决于政府是否肯放弃不适宜市场经济、民主政治发展的各种行政审批。如果政府的职能部门死死守住已有的利益“高地”，并想着法子不断地生出更多的行政审批项目，那么，社会将会渐渐死水一潭，失去活力。
审批“寻租”的实质
行政审批是公权力介入利益分配的过程。基于人的利己本性，每一个利益主体在这个过程中都会展开博弈，以求得自己利益的最大化。如果这种博弈限于法律框架之内，那是一种推动社会进步的力量。但是，正如马克思所说：“如果有 10%的利润，资本就会保证到处被使用；有20%的利润，资本就能活跃起来；有50%的利润，资本就会铤而走险；为了100%的利润，资本就敢践踏一切人间法律；有300%以上的利润，资本就敢犯任何罪行，甚至去冒绞首的危险。”在利益的诱使下，经营者通过行贿等不法手段俘获行政部门中的执权者。行政审批原本是计划经济体制下政府管理经济和资源配置的重要手段，它的诟病主要是权力寻租。在市场经济形成过程中，由于政治体制的严重滞后，即使在《行政许可法》实施之后，政府仍然执“审批”之权不肯松手，并想方设法为其合法化。如在行政许可之外创造出一个“行政审批项目”，以避开《行政许可法》的规范。这种与市场经济内在逻辑格格不入的制度，竟然被不断强化，实在令人费解。公权力的傲慢与狂妄都与之有关。
