作为市场规制主体的政府及其所属部门，组织形式大都表现为行政机关，却拥有与行政权力不尽相同的市场规制权，因此更需要注重职权设定及市场规制权力运用的过程。我国市场规制机构通常习惯于将自身界定为行政机构或管理机关，虽能反映市场规制机构的组织结构方面的行政色彩，但无法体现其行使市场规制权力的本质特点。行政权力与市场规制权力运行的主要区别在于：第一，两者在产生原因方面不同。现代行政既要保障上级行政机关的命令能够有效下达执行，又要保障私人权利不为违法行政所侵害；而市场规制则是应对市场自身不足而产生的弥补市场手段。第二，两者在调整手段上不同。行政权力强调效率，借助强制性公法规范保障令行禁止；市场规制权是在尊重市场基础上的控制，其以公法为主兼具私法特征的控制模式部分体现柔性色彩，因此引导、协商等措施在市场规制中的运用也发挥重要作用。第三，两者救济思维不同。行政相对人有服从义务，即使相对人遭受不公正对待，也只能在先服从行政权力的前提下通过法定救济方式维权，由此，事后的行政复议、诉讼救济成为行政权行使的重要约束；而市场规制权的行使过程相对弹性，被规制主体在市场规制权作用过程中可以通过要求听证、提出异议、商谈和解等诸多方式进行维权，由此，过程中的救济显得更为重要。第四，两者复杂程度不同。行政权力强调令行禁止，所需考虑因素相对单一；市场规制权力乃弥补市场之不足，而市场为各种利益关系之交织汇合，因此会在不同层面、唯度对市场规制权产生积极或者消极影响。也正因为如此，遭受权力规制的市场经济关系不易恢复到规制之前的状态，就更要求规制权力主体行使权力时的慎重与合理。
当然，因为市场规制主体的组织形式表现为行政机关，行政法学者也将市场规制权力运用过程的特点归纳如行政法的基本原则之中，并以此体现现代行政法的发展特点。例如在行政法的基本原则中强调合理行政原则、强调正当程序原则中的公众参与制度，这些都是从市场规制权力行使中提炼的重要元素。
我国市场规制主体往往将自身界定为行政管理机关，这就存在定位不准的问题。以最典型的市场规制主体——工商部门为例，其承担维护市场竞争秩序、保护消费者权益的基本职能。然而，在长期计划经济体制下的官僚行政、管理思维的影响下，包括在机构名称上称为“工商行政管理局”，使其在对市场规制权力的运用上受到行政权力上令下达思维等因素影响，管理思维和心态仍然占据主导。殊不知，在市场经济条件下，以经济利益为主的各种市场交易关系远比计划经济时代繁杂多样。如果以市场秩序维护和消费者保护为宗旨的规制主体，延续行政管理思维从事市场公共事务管理，则会出现明显的规制失灵情形。
