此外，环境案件往往与各个地区的经济利益有密切的关系，保护一个地区环境的同时也可能是以牺牲其他地区的经济利益为条件的，在这种情况下，最有可能出现的状况是无论上级法院作出什么样的指定管辖决定，将案件交给哪个法院审理，其他相关的法院均会提出异议。
（四）环境法庭审判适用法律难点多
环保案件审判难度大，适用法律难点多的问题也阻碍着环境法庭的发展。由于环境诉讼的特点决定了环境诉讼规范有着不同于传统民事、刑事、行政诉讼规范的内容，所以审判中适应法律的困难既包括可供适用的法律不能很好地应对环境案件特殊性的问题，也包括在许多方面根本“无法可依”的状况。据调查，至1997年我国新刑法规定了环境污染犯罪以来，全国总共也只审理了几十起环境污染刑事案件。受中国人本身存在的“厌诉”思想的影响，遭遇环境侵害的人们往往会寻求行政途径解决，很少会提起环境民事诉讼。而且，我国现行环境保护法律侧重于污染防治，很少涉及自然资源保护，有关土壤污染、环境损害赔偿等方面还基本处于“无法可依”的状况。在环境法庭司法实践中，随着环境纠纷日渐增多，由于环境立法及诉讼立法在环境诉讼的受案条件、审理程序、证据规则、激励机制等方面规定的不具体、不明确，导致法官在环境案件的审理中很难将法律制度具体化到案件中，导致了审理难度加大，审理效率下降。
（五）法官在环保和审判专业知识方面有待加强
突出解决环境纠纷的专业性是环境法庭设立的重要目的之一。环境法庭能顺利有效地运行的前提在于，各环境法庭配备了适合审理环境案件的法宫，同时参与审判的陪审员和律师等也具有较高的环保和法律专业水平。由于环境污染问题具有复杂性、长期性和隐蔽性的特点，环境案件往往具有较强的技术性，对审判人员的环保专业知识的要求较高。在这个问题上让具备环境科学知识的专家参加到环境案件审理中能够在一定程度上弥补这一不足，但专家的看法也仅能在证据、专家意见等方面发挥作用，不能替代法官的作用。
环境法庭的设立就是实现环境司法的专门化，对涉及环境保护的刑事、民事、行政及执行案件实行“四审合一”新审判模式。同时，对一件环境案件的审理有时需要经历刑事、行政和民事中两种以上诉讼过程才能审理完成。不难看出这对审判人员的素质的高低提出了非常大的考验。
