（二）环境法庭受案范围难以突破理论和实践缺陷
环境法庭的受案范围也是设置和运行环境法庭首先要解决的一个问题，现行的侵权理论在环境保护方面的缺陷使许多环境侵害行为不被纳人环境法庭的司法救济范围，主要包括两方面的缺陷。
第一，环境侵权行为是一种特殊民事侵权行为，从我国《民法通则》第106条第2款的规定和最高人民法院有关司法解释的态度看来，基于过错责任原则承担侵权责任的构成要件应为四个：加害行为的违法性（侵害行为）、损害事实、加害行为与损害之间的因果关系以及行为人的过错。[9]《侵权责任法》第6条也规定侵权责任的追究要以侵权行为具有“违法性”为必须要件，行为人只对违法行为承担责任，通常情况下的损害他人人身和财产的行为为违法行为。但环境侵害行为具有的特殊性是传统的侵权理论所不能包括的，由于大多数的环境侵害行为通常是某些生产、建设或者经营活动，这些活动可以创造社会财富并增进公众福利，具有社会正当性，此行为并不违法，排放污染物只是此过程中的副产品。如果严格遵照侵权法理论中所要求的违法性要件，则很多环境侵害行为不能被认定为“环境侵权”，就不能纳入司法救济范围。
第二，环境法学界的很多学者都将环境侵权的原因行为定位为环境污染和生态破坏。[10]但《侵权责任法》第65条规定：“因污染环境造成损害的，污染者应当承担侵权责任。”在《侵权责任法》中环境侵权行为即为“环境污染造成他人损害”的行为，而没有将生态破坏行为纳人规制范围。在此立法思路下，进人司法救济的也只能是环境污染致人损害行为而排除了生态破坏行为。
（三）环境法庭的管辖范围难以确定
环境污染问题的一个特殊性就在于其影响范围极其广泛，由于环境资源的自然属性无法依循人为的行政区划设置而被分割，这就会导致很多环境污染的污染行为地和污染结果损害发生地分属于不同的行政区域的情况时常发生。以水环境污染为例，水资源保护往往涉及的是跨越几个地区，甚至是跨省的问题（大气污染也如此），这就与人民法院受理案件以行政区划为界的传统产生矛盾。按照我国《民事诉讼法》对“指定管辖”的相关规定：“有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。”这可以说是为解决环境法庭审理跨地域环境纠纷案件提供了立法支持。在同一省级行政区划里的跨区域环境案件，可以由各高院指定管辖，跨省的环境案件由最高院指定管辖。但现实情况是我国的河流、湖泊众多，许多都是跨越好多个省；大气污染等环境污染更是随气候情况无法确定污染地域和范围，一旦发生相关污染诉讼，就势必会需要由最高院指定管辖，由此看来，指定管辖基本成为环境案件审理的常态，势必成为各级人民法院一项非常频繁且麻烦的任务。
