1995年原国家体改委和林业部，在借鉴土地制度改革的成果，探索了多种林权制度的方式方法，吸取了失败和成功两方面改革经验的基础上，联合颁布了《林业经济体制改革总体纲要》，《纲要》鼓励实施山区、沙区林业综合开发，把发展林业产业与解决我国农村、农业、农民的问题结合在一起，允许尚未开发的集体宜林荒山(坡)、荒沟、荒滩、荒地(沙)的使用有偿流转；允许农民和乡村林业合作经济组织引进外资合作开发山区，发展林业；允许投资者跨所有制、跨行业、跨地区到山区、沙区、林区投资开发；允许兴办私营林场；允许基层林业部门运用多种方式与农民、乡村林业合作经济组织联营。对国有林业资产要求明晰产权关系、维护所有者权益、落实经营权。《纲要》的发布扩展了集体林区的经营模式，打破了林地林木资产由所有者所有、所有者经营的禁锢，但是并没有在明晰产权和经营权上做进一步的明示。1995年11月10日，原国家林业部和国家国有资产管理局联合发布了《关于森林资源资产产权变动有关问题的规范意见(试行)》，第一次对林业资产的产权和产权变动做了定义。《规范意见》中涉及的森林资源资产主要指“森林、林木和林地资产”。产权变动是指“由于出让、转让、合资、合作、股份经营、联营、租赁经营、抵押、拍卖、企业清算引起的森林、林木和林地资产产权的变动”。允许产权变动的森林资源资产包括用材林(包括竹林)、经济林、薪炭林、林地，包括有林地、采伐迹地、宜林荒山荒地等。并且规定了产权变动的主要形式，实际上也肯定了产权流转的方式：一是森林、林木资产的产权变动；二是林地使用权出让、转让和出租；三是森林、林木与林地使用权同时出让转让。《纲要》和《规范意见》对林业资源的产权明晰和建立林地林木流转制度以及配套的审批、利益补偿制度等提供了法律和政策上的依据。
1998年福建省永安市洪田村率先对林区制度进行改革，对上世纪80年代初林业三定时承包到户的林地全部收回重新进行分配，均山、均权、均力，包干到户，联户经营，利润由集体和个人按比例分配，商品林和公益林区分管护。洪田村林改的成功经验迅速得到推广，2003年6月25日，《中共中央国务院关于加快林业发展的决定》颁布。《决定》提出，要深化林业体制改革，进一步完善林业产权制度，稳定自留山和承包责任山，对目前仍由集体统一经营管理的山林，要区别对待，分类指导，积极探索有效的经营形式。第一次提出我国的林业“正经历着由木材生产为主向生态建设为主的历史性转变”。公益林以政府投资为主，吸引社会力量共同建设，建立公益林业认证体系；商品林按照基础产业进行管理，主要由市场配置资源，政府给予必要扶持，建立健全森林生态效益补偿基金。《决定》中的分类经营管理体制第一次明确地把森林资源的商品性质和公共产品性质的平衡作为林业产权制度改革的一项基本原则。
一般认为，木材的有效供应是决定集体林产权制度变迁的核心[6]。从此，集体林权制度改革跨入了以建立家庭承包经营为主的产权制度改革新阶段。福建、江西、辽宁、浙江等试点省份先行一步，在保持林地集体所有制不变的前提下，把林地的使用权、林木的所有权、经营权、处置权和收益权交给农民，实现“山有其主，主有其权，权有其责，责有其利”。至2007年已有5.25亿亩集体山林分到林农手中，占全国集体林地面积的21%。5年内全国将基本完成以“明晰产权、减轻税费、放活经营、规范流转”为主要内容的集体林权制度改革。2003年以来的改革是建国以来的第五次林业产权制度改革，主要的改革方向一是分类经营管理，二是深化承包责任制，促进商品林的市场化经营。
