（三）在适用程序上，推定应当允许反驳。所谓反驳是指在推定中，推定事实要求从没有相反的证据中推出，且可从基础事实和推定事实两个方面进行。如巨额财产来源不明罪中，既可反驳其财产或者支出没有超过合法收入（基础事实），也可提供情况证明其财产来源合法（推定事实）。另在适用程序上，应确保推定的正当性。首先要告知被告人对推定事实享有反驳的权利；其次告知反驳的方式，可否定基础事实也可否定推定事实；再次是被告人只应当就推定承担提出合理反驳及提供相关证据线索的责任，而不应当承担举证和证明责任；最后，法官承担对被告人反驳权的救济职责，一方面对其提出的证据线索进行调查核实，另一方面应当责令公诉机关承担排除反驳的责任，即确认反驳是否提出了合理怀疑，做出推定事实能否成立及其理由的说明。
（四）在推定的效力上，推定事实必须达到排除合理怀疑。在诉讼中，推定的适用使得原本不属于证明对象的基础事实成为了可以证明的对象，因此，当事人在对推定事实难以证明的情况下，可以选择对基础事实加以证明，同样可以达到确证推定事实的效果。而基础事实作为证明对象在一定意义上降低了案件的证明标准，给另一方带来可败诉的后果。因此，证明对象的增加实质上影响了案件证明责任。[12]据此，对于推定应当允许被告人进行反驳，对于被告人进行的反驳，只要提供的情况证据达到了不能排除合理怀疑的程度，推定就失去效力，不能再适用，而不能以被告人提出足以推翻推定的证据为必要，否则即是举证和证明责任的不当转嫁，违反法律规定要求被告人承担没有犯罪的证明责任。
（五）对适用推定的某些事实情形，建议在立法上明确做出限定。（1）主观罪过的推定，如犯罪故意和犯罪过失。这是因为主观方面只有行为人自己能够证明，在其否认的情形下，只能通过行为人的客观行为以及其他认定的事实来加以推定，即从行为人的犯罪手段、作案工具、打击部位等，推断出行为人犯罪时的主观罪过形式和内容。（2）犯罪认识的推定。这是指根据一个正常人对某种环境、状态及特定时间下的行为，应该能够判断会发生危害社会的结果而去实施，从而推定出主观明知与否。（3）对犯罪行为或犯罪对象认识的推定，即司法实践中较常见的应当明知的判定。（4）犯罪目的的推定。这是指基于行为人的客观行为，推定出某一特定犯罪目的。（5）对持有状态下行为性质与款物性质的推定，如非法持有枪支、毒品、假币、款物等。如果不能说明持有的合理原因或查明存在其他阻却其行为违法性的事由，即可推定其行为符合相应犯罪的客观构成要件。（6）被告人精神正常的推定。这是指一般情况下控方推定被告人精神正常，如以不能辨认或者不能控制自己行为时造成危害结果作为抗辩理由，其负有对此解释说明或提供情况证据的责任。（7）排除犯罪性行为的推定。这是指被告人对其造成国家、公共利益或者他人的人身、财产或其他权利受损害的行为，认为是正当的合法行为时，负有对此解释说明或提供情况证据的责任。因为一般情况下，控方既然证明犯罪事实的存在，就没有必要证明被告人的排除犯罪性行为不存在。
