迈入21世纪后，笔者从立法到执法面临的问题和困境，特别是刑事诉讼法的贯彻落实的现实出发，深入实际调查研究、座谈访问，从许多执法人员和干警的认识中发现“执法难”就难在观念的转型上，提出了“制度改革，观念先行”的主张。因此，笔者又根据刑事诉讼发展的新情况和新问题，提出了在社会转型时期刑事诉讼领域中的“十大转变”：以斗争哲学为指导转向以和谐哲学为指导；由国家本位转向国家、社会与个人本位并重；由一元化价值观转向多元化价值观；由权力治人转向权利保障；由有罪推定转向无罪推定；由口供本位转向物证本位；由客观真实转向法律真实；从重实体轻程序转向两者并重，最终转向程序本位；由高压从重转向宽严相济；由国内优位转向国际优位。中央政法委领导高度重视上述“十大转变”的观点，作出批示：“作为当前司法改革的参考。”在笔者主持的国家社科项目《修改刑事诉讼法的理性思考》中，进行了充分的论述和反映，出版发行后，得到国家社科办公室的高度重视，并以“成果要报”形式报中央政法委，并列出九个方面，以指导司法改革的进行。
（四）刑事诉讼证明标准研究
证明标准问题在刑事程序和证据制度的构建中具有举足重轻的地位。刑事诉讼是对过去已经发生的案件事实做回溯性证明的艰苦过程，此种证明要求达到客观真实的程度，这是难以实现的。按照马列主义关于真理的绝对性和相对性辩证关系的原理，对一个刑事案件的证明要求，只能达到近似于真实的程度。以客观真实作为证明标准，不仅使证明标准缺乏可操作性，而且会带来不择手段地发现“客观真实”、损害被追诉人合法权益的后果；相反，如果以法律真实作为构建证明标准的基础，则可以很好地解决上述问题，有助于确立程序正义在诉讼法中的主导地位。据此，笔者在1996年的刑事诉讼法学国际研讨会上首次提出“法律真实”的观点，与会专家反响强烈，并进行了热烈的研讨和争论。而后，笔者又以马克思主义哲学观为指导，不仅进行了学术方面的潜心研究，而且进行了大量的调查，分析了上千个案例，以“客观真实管见—兼论刑事诉讼证明标准”为题比较系统地阐述了自己的见解，该文发表在《中国法学》2000年第1期上。文章中系统地阐述了“法律真实”这一证明标准的科学依据和科学内涵，着重从刑事证据的本质特征、辩证唯物主义认识论、绝对真理与相对真理的关系以及司法实践应用中的问题等方面，论证了“法律真实”作为刑事诉讼的证明任务和要求，把排他性作为刑事诉讼的证明标准。这一理论的提出引起了学界的广泛关注和讨论，所引发的“客观真实”和“法律真实”的论争，深化了学界对证明标准问题的认识，有力地推动了证据法学基础理论研究的深入开展，其观点如今已经深入人心，成为指导刑事诉讼法学和证据法学研究和应用的基本理论。
