第一，正当防卫不是法律职责，战时紧急措施则属于军人的一项法律职责。从性质上来看，正当防卫是公民依法享有的一种权利，“宪法和刑法是正当防卫的权利的来源，”[2]将战时紧急措施视为正当防卫行为的最大障碍即在于此。如果战时紧急措施是一种权利的话，那就意味着军人对此种权利可以放弃。但《纪律条令》规定的是“应当采取紧急措施予以制止”。“公民的正当防卫是国家赋予的一项权利，是公民的个人行为。……公民遇到不法侵害进行逃避，放弃正当防卫的权利，不能追究其法律责任。”[3]作为一项职责，当军人战时发现上述犯罪行为时，就必须采取紧急措施予以制止，而不允许放弃，否则就是一种渎职犯罪行为。
第二，根据《纪律条令》第77条的规定，战时紧急措施针对的行为只能是犯罪行为，不包括一般的违法行为，而正当防卫所针对的行为则是不法侵害。一般认为，正当防卫所针对的不法侵害既包括犯罪行为，也包括其他一般违法行为，只要这种不法侵害具有进攻性、破坏性、紧迫性即可。[4]
第三，行为实施的时间不同。战时紧急措施只能在发现临阵脱逃、投敌叛变、行凶杀人的犯罪行为,来不及报告时,方能采取。而正当防卫只需不法侵害正在进行时——即存在法益侵害的紧迫性时即可采取[5]，没有“来不及报告”的要求。可见，战时紧急措施的实施要严于正当防卫的实施。
第四，战时紧急措施的行使要求行为人需事后立即报告首长,并对此负责，而正当防卫一般无此要求。显然，战时紧急措施的行使某种意义上是一种军事行政职责的履行，否则不会有要求行为人对此负责的说法。[6]
第五，将战时紧急措施定位于正当防卫有可能出现防卫过当的情形。战时极端情况下的紧急措施意味着对严重扰乱作战指挥秩序行为人生命的剥夺，即所谓的战时即时处决权的行使。[7]根据刑法第20条的规定，防卫人只有对正在进行行凶、杀人、抢劫、强奸、绑架以及其他严重危及人身安全的暴力犯罪，采取防卫行为，造成不法侵害人伤亡的，才不属于防卫过当，不负刑事责任。而战时即决行为的目的在于维护战场指挥秩序，某一军人实施的犯罪行为尽管不会严重危及人身安全但严重危及战场指挥秩序时，也有可能被即时处决。此时，按照正当防卫进行处理就会导致指挥官的行为被认定为防卫过当，需负刑事责任，而这无论如何是不符合军事活动实践要求的。
