第二阶段，从制度诠释到理论建设。随着知识产权法律构架的完成，经济与社会生活的渐趋成熟，对外交流的繁荣，利益冲突与法律纠纷的频仍，无论国际条约，还是国内法的条文，都不足以从理性上回答知识产权的种种问题与矛盾。法律如兵刃。宝剑虽好，苦于无“道”，一车兵器，不过废铁。反之，深谙“道”者，区区寸铁，亦可杀人。实践的召唤和理论供给短缺这一尖锐的矛盾，曾长时期困扰着中国知识产权法学界，呈现出万马齐喑的局面。批判与突破是学术的生命。中国的知识产权法学要进步，必须突破注释法学的藩篱。必须从知性走向理性，处理好搜索与思索、眼见与心得的关系，摆脱亦步亦趋、鹦鹉学舌的窘境；中国知识产权研究必须回归民法科学的沃土，从头作起，从基础作起，从基本概念作起，运用理性、科学的方法构建知识产权法的学科体系。在经过长期思考并充分听取其他学者的意见之后， 1996年，笔者发表了《简论知识产权》一文，对传统的研究现状、研究模式和研究方法提出了批评，力图把我国知识产权研究从制度诠释推向理论建设。 [1]起初，该文的思想和主张遭到了笔者的良师益友郑成思教授的强烈批评，他认为，知识产权的基础理论问题外国早已解决，中国学者重复研究没有出路。 [2]郑老师与笔者早年藉参与立法之缘，结为诤友。二人学术观点每每各持己见，合而不同。此番争论，经过讨论与交流，终获共识，意识到知识产权基础理论研究的重要性。此后，郑教授更关注基础研究，关注知识产权与民法的关系问题。在他指导的博士论文中对基础问题作了很有价值的贡献。在人大至今已毕业的40多位攻读知识产权法学的博士中，半数以上的论文选题属于基础理论研究，他们分别对知识产权的基本概念、法律属性、对象与客体、法律体系建构、价值评估、归责原则、侵权赔偿、历史梳理、文化价值等知识产权和与知识产权最密切联系的理论问题进行了深入的探讨。相对于1996年之前的状况，这是一个质的飞跃。在北大、法大、西南政法大学、中南财经政法大学等学校，有越来越多的博士论文选择基础问题研究。知识产权的理论建设，蔚然成风。但是在肯定成绩的同时，也要看到问题、困难与阻力。目前的体制以及由该体制造成的知识产权的部门立法的弊端并没有克服，知识产权法自身的非体系化以及欠缺与民法整合的局面在短期内难以改变。现实的力量和影响是强大的，它既影响知识产权的法制建设，也间接影响知识产权理论的进步，甚至会影响研究者的信心与理念。因此这一回归民法的阶段尚未完成，还需要长期努力。
笔者认为，在知识产权理论回归民法的同时，应当适时地开启第三阶段“寻找自己”的研究。所谓“寻找自己”，是知识产权法在完成对民法的“认祖归宗”，确保私法基因的基础上，划清与物权法、债权法、人格权法的界限，寻找知识产权法的自我，逐步建立起理性、科学的知识产权法独有的学术体系。这同样是一个艰巨而长远的任务。
