目前，由于我国环保法律体系还不十分完善，致使我国至今还未形成一个统一而完善的环境管理体制。现行的环境管理体制仍是按辅助性原则为依据的统分结合的多部门、多层次的执法管理体制，即国务院设立国家环境保护总局，在
环境保护法的规定下，省、市级政府建立环境专门机构，工业较集中的县、镇一般也设立专门机构或由有关部门兼管，甚至在较大的工矿企业也设有环保科、室与环保专职人员。这样形成了执法主体势力割据的局面，致使权责不明，权力过于分散，从而使一些省、市级环境保护专门机构变成了本地区行政机关的附属机构。为了一味提高本地区的经济效益而忽视了环境效益与社会效益，甚至一些县、镇领导认为只要经济上去了，自然一切就都会搞好的，而对环保法置之不理，造成了地方保护主义极为严重。另外，各环保部门之间为了部门利益而互相扯皮，关键时刻相互推矮责任，形成了一种恶劣的部门保护主义，最终造成执法混乱，法律法规失去法律效力，致使环保工作无从说起。正是由于体制的不完善，监督力度自然也就上不去。因执法主体繁杂，上下级形不成垂直关系。往往为了地区利益、部门利益，形成了上级有政策，下级有对策的应付局面，使许多监督政策不能得到实施，法律得不到执行，监督变得苍白无力，环境污染日益严重。
1、健全执法机构
依据农村环保基本法和环保管理体制，应建立一个从中央到地方进行统一管理的专门环保机构，即中央仍由部级的国家环境保护总局对全国环保建设进行统一部署、管理、指挥、胁调。各省、市、县级政府设置专门环保机构，此机构为环保总局的分支机构。在各地环保执法过程中，环保局为执法主体，并且垂直上一级环保机构管辖、监督，不隶属当地政府主管，但各地政府必须参与辅助本地环保机构工作，另外，一各部门环保执法机构也应山环保分局来担任。这样全国各地各部门的环保工作都由统一的环保机构来行使职权，一各级政府与各部门密切配合各内部的环保法制工作，并将此项工作作为考核各级政府各个部门政绩的一个重要组成部分，有效地制止地方保护主义与部门保护主义。
2、强化执法队伍，提高执法力度
要不断提高各级执法队伍人员的政治觉悟，使其能抵制各种腐败现象的侵蚀，严格依法办事，作到执法必严，违法必究；要不断更新执法人员的知识结构，强化他们各项环保科技技能；同时也要妥善安排好农村环保执法人员的待遇问题，尽量作到惩罚分明，充分调动环保执法人员的积极性，保证环保法落实到实处。农村环保执法监督机制由2个监督层面组成:上下级政府监督关系，即上级政府把下级政府关于环保工作开展的好坏，是否密切配合环保机关工作的顺利进行，做为进行量化考核评定其年度政绩的重要组成部分，这样对当地政府起到了良好的监督作用，同时，也利于扭转地方政府只重经济效益而忽视环境效益与社会效益的不良倾问；环保机关形成上下级的垂直监督关系。国家环保总局要从法律和行政上对各级环保机关各部闺的环保机关在执行环保法律法规方面加大稽查力度。
