第一步 校内申诉程序
学生对学校的处分决定有异议的，在接到学校处分决定书之日起5个工作日内，可以向学校学生申诉处理委员会提出书面申诉（21号令第61条）。学校的学生申诉处理委员会由学校负责人、职能部门负责人、教师代表、学生代表组成（21号令第60条）。
学生申诉处理委员会对学生提出的申诉进行复查，并在接到书面申诉之日起15个工作日内，作出复查结论并告知申诉人。需要改变原处分决定的，由学生申诉处理委员会提交学校重新研究决定。（21号令第62条）
第二步 教育行政部门申诉程序
学生对复查决定有异议的，在接到学校复查决定书之日起15个工作日内，可以向学校所在地省级教育行政部门提出书面申诉。
省级教育行政部门在接到学生书面申诉之日起30个工作日内，应当对申诉人的问题给予处理并答复。（21号令第63条）
至此，高校学生权利救济的申诉程序结束。中央民族大学案中北京市教委于2006年9月8日作出的申诉处理决定书就可以看作申诉处理程序结束的标志。这里值得进一步说明的是，根据21号令第64条的规定，在学校的处分决定或复查决定作出之后法定期限内未申诉的，有关部门不再接受学生的申诉，这将导致什么样的后果呢？我们可以从颇引起争议的北京市教委的申诉处理决定书的末段解读出有关的后果，即未经申诉程序，后续的行政复议与行政诉讼就无法正常的启动，学生的权利救济程序实际上就全部终结了。因此，申诉程序在整个高校学生权利救济程序中处于极为重要的位置。
我们暂且不论教育行政部门申诉处理行为的具体法律性质，依据本案中北京市教委的申诉处理决定书，学生可以在60日内申请行政复议，在3个月内提起行政诉讼。这是高校学生权利救济的后两个重要的程序，即行政复议程序和行政诉讼程序。由于该案刚刚完成申诉处理程序，双方都没有提起行政复议程序和行政诉讼程序，但这不意味着这两个程序在高校学生权利救济中就不重要，田永案和刘燕文案就充分证明了行政诉讼程序的重要性，尽管两案的结果并不相同。
（二） 中央民族大学案启发下的体系调整思路
中央民族大学案中实际上反映出了北京市教委对申诉处理行为的法律认识错误，而这直接影响到学生权利救济的实际效果。同时，在中央民族大学案中校内申诉程序几乎没有发生任何的作用，学生的申请很快的就被驳回，而且没有提供任何的正当程序。这都反映了现行高校学生权利救济体系的缺陷。同时，在申诉、复议和诉讼三者的衔接上也需要进行一定的调整。
必须强调指出的是，为了更加具体的保护学生的受教育权利，对于学校纪律处分的救济方式上应该区别一般纪律处分和重大纪律处分而进行不同的程序配置。所谓一般纪律处分是指教育部第21号令第53条列明的前四种纪律处分，具体包括警告、严重警告、记过和留校察看；而所谓重大纪律处分是指21号令第53条列明的第五种处分，即开除学籍。这种区分的必要性在于这两种类型的处分对于学生
宪法上的受教育权的影响具有根本的不同，前者只是限制，而后者构成了根本的剥夺。因此，对于一般纪律处分，原则上可以维持现行的制度设计，教育行政部门的申诉处理也可以看作是对于平等主体之间民事纠纷的裁决，甚至也可以允许学校就申诉处理决定提出行政复议或行政诉讼。允许这样的程序设计，是因为它的运行并不根本影响学生的受教育权。而在学生的受教育权仍然可以得到基本保障的前提县，高校一定的纪律惩戒权应归入高校自主权的范围内，不为法律保留原则及学生
宪法上的权利所拘束。但是如果是开除学籍的决定，则过分限制或根本剥夺了学生的受教育权，而且我们从中央民族大学案中看到这种剥夺自学校第一次作出开除决定开始就一直处于继续状态，前后长达近一年仍然没有最后解决。在受教育权受到根本剥夺的情况下，繁琐的程序和期限不仅可能不意味着受处分学生的权利，反而会成为一种牵涉学生及其家长在内的巨大的成本，因此在进行程序设计时需要特别的从学生
宪法上受教育权的角度进行考虑，而且应该对学生进行重要的程序保障和程序权利的倾斜。
笔者的建议是，法律上需要明确规定学校在作出根本剥夺学生的受教育权的处分决定时必须提供正式程序的保障，即必须提供听证会程序，而且学校的处分决定必须基于听证的纪录做出。在此适用行政程序法上的“案卷排他性原则”。同时在申诉程序的设计上，将前置性的思路转化为可选择性思路，即学生在收到学校开除学籍的处分决定时可以进行校内申诉，可以向教育行政部门申诉（性质上应认为是行政复议），也可以直接法院提起诉讼。这种设计的基本出发点是方便学生和方便救济原则，因为这里被剥夺的是学生
宪法上的受教育权，属于基本的
宪法权利，必须能够方便和快速的得到救济。如果学生选择直接向教育行政部门申诉，这里的申诉，法律上应申明为行政复议，对于教育行政部门的复议决定，作为复议被申请人的学校无权提出行政复议和行政诉讼，必须立即履行恢复学籍的义务。因为学校在作出开除学籍的决定是行使的是国家法律授予的学籍管理权力，属于公权力行为。而行政复议正是对这一公权力行为的纠正，学校对此纠正行为无法律上的异议权利。如果学生选择直接向法院起诉，可能遭遇到行政诉讼受案范围的问题，这是法律上进一步明确和法院司法解释的空间。需要补充的是，学生在提起行政复议或行政诉讼时可以附带提起对于学校规章的审查要求，因为中央民族大学案给我们的一个明确的信号就是：不合理的处分决定背后往往隐藏着不合理的规则，而这里的规则又是明显违法上位规则因而可以在现行法律体系中获得纠正。
