法学界之所以对登记制度的设计如此天壤之别，主要的原因在于至今尚未在法学界形成普遍认可的基础理论，基础理论的模糊不清，自然会导致制度设计的混乱局面。[5]虽然中国的物权立法已经确立了折中主义模式的地位，但这并不意味着其理论上正确。相反，关于物权变动的理论争议不仅没有尘埃落定，不同的争论将在物权立法结束之后继续深入进行，甚至对于双方均表示赞同的法律用语构建的同一制度（例如
物权法第
15条关于区分原则的规定），不同的理论仍将对其内涵作出不同的解说；司法机关援引同样的法律条款，可能也会因为采用不同的理论支撑而有不同的判决结果。由此可见，为我国的登记制度寻找科学理论基础的工作远没有结束。
二、多头管理，分级登记
物权法第
10条虽然明确规定对不动产实行统一登记制度，但对于统一登记机构仍然采取了搁置处理的方法，究竟哪一个机构是统一的登记机构尚不明确。预计我国目前“多头管理、分级登记”的体制仍然要持续相当一段时间才能够逐步消除。目前我国不动产登记部门主要是依据行政管理的职能来确定，由于土地、房屋、森林、草原、海域等不动产分别属于不同的政府职能部门进行行政管理，关于不动产的登记也就相映地分散在不同的行政机关。[6]对于登记机关来说，在登记中又往往可以收得一定的登记费用，在一定程度上又可以缓解目前我国行政机关经费紧张的局面，因此不同的行政机关在争夺登记权限方面又有一定的利益驱动。根据我国现行的法律，至少存在以下主要的不动产登记机关：土地管理部门、房产管理部门、林业管理部门、草原管理部门、海洋行政管理部门、地质矿产管理部门、公证部门以及县级以上人民政府规定的部门。
登记机关不仅分布在不同的行政部门，而在同一行政部门内部还存在级别的划分，并进行分级管理。例如我国《
城市房地产管理法》第
六十条就规定：“以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记。”县级以上人民政府就应当包括县级人民政府、市级人民政府、省级人民政府和国务院。多个部门登记已经令人眼花缭乱，而同一个部门又存在级别的划分，这会使登记申请人在确定负责登记的具体机关时更加无所适从。
我国物权法第10条确立了统一登记机关的构想，可以看出建立统一的不动产登记机关已成定局。但如何从长期形成的“多头管理、分级登记”的体制中确立一个统一的登记机关、如何整合分布在不同登记机关的登记资源、如何协调不同统一后的登记机关和若干不动产管理机构的关系，这仍然是
物权法出台以后的重点问题和难点问题。
三、政出多门，各自为政
既然“多头管理”的体制无法在短期内消除，那么“各自为政”的现象必然相伴而生。由于土地、城市的房屋、农村的房屋、海域、林地、草原等分属不同的不动产管理部门，而不同的登记部门往往又会制定出不同的登记规则。最为熟悉是就是国家土地管理局发布了《
土地登记规则》和建设部发布了《
城市房屋权属登记管理办法》。[7]本文就以这两部最为常见的登记规则为例，分析这两个登记规则就在登记种类、登记程序以及权利证书的效力这几个方面存在着明显差异：（1）根据《
土地登记规则》，除初始登记外，其余的登记一律属于变更登记；但根据《
城市房屋权属登记管理办法》，除初始登记外，还有变更登记、转移登记、他项权利登记、注销登记等形态。（2）根据《
土地登记规则》初始登记与总登记是同一概念，但根据《
城市房屋权属登记管理办法》，初始登记和总登记的内涵有天壤之别。（3）《
城市房屋权属登记管理办法》中没有地籍调查程序，而《
土地登记规则》中没有公告异议程序。（4）根据《
土地登记规则》，土地登记卡的重要性远远大于土地证书，土地登记卡是当事人享有权利的至关重要的合法性依据，而土地证书只是由权利人所持有的权利凭证。但根据《
城市房屋权属登记管理办法》，房屋权属证书被认为是权利人依法拥有房屋所有权的唯一合法凭证，其证明效力似乎远远大于登记机关的登记。
