（三）支付结算监管权归属：一个两难性的问题
中国银监会分设后，央行继续保留了原有的对商业银行支付结算情况进行监督与检查的权力。作为央行直属事业单位的清算中心不仅为商业银行的支付结算活动制定相关规章，对业务活动中产生的纷争进行协调，提供网络设备支持服务，而且还对商业银行的支付结算业务负有检查与监督的职能。支付结算业务不仅是银行内部与银行之间进行资金清偿与余缺调配的润滑剂，而且更重要的是为资金安全与市场稳定的基础。目前各国的做法一般是，在金融监管机构与央行分设的国家，支付与结算的管理仍由央行负责，但许多国家的支付结算系统都倾向于非官方化，如澳大利亚的支付清算协会、韩国的金融电信与清算协会及新加坡清算所协会等，其会员都由会员银行组成。对于我国而言，支付结算的民间化可能性不大，现在的问题是央行仍持有的该项职能是否移交给银监会。在该问题的处理上会出现两难：
一难是若将该职能移转给银监会，则涉及如何移转的问题。多年来，央行在“总行至县支行与央行至各商业银行”之间已构建了庞大的支付清算网络，虽然专职的管理人员可以“人随业务”，但是支付系统的物理转移则是一项复杂的工程。另一方面，央行宏观政策上的公开市场活动也必须依于支付结算系统；
二难是若维护现状而将支付结算系统保留于央行，那么对银监会而言则意味着其对商业银行经营监管链的断裂，因为商业银行的支付与结算是与其他业务密不可分。若将支付结算的管理与日常业务的管理进行切割处理，则无疑不利于银监会对银行业进行整体性的监管。同时，从修订后的《
中国人民银行法》来看，也只是在该法第
4条规定央行“维护支付、清算系统的正常运行”，而没有明确地决定这项权能的归属。既然如此，作为法定监管者的银监会基于监管之目的就有可能直接要求商业银行接受此方面的管理，在面临两个“婆婆”的情况下，商业银行可能一方面无所适从，另一方面法律规定的不明也增加了商业银行的守法成本。
（四）“最后贷款人制度”所衍生的挑战
最后贷款人制度长期以来都是央行不可推卸的责任，即使在金融监管机构分立的情况下，各国央行仍然保留了一这职责。然而，这里有一个问题是值得我们思考的，即如何确保央行最后贷款人的角色与真正需要救助的程度评估的一致性。客观而言,由于银监会没有创造货币的功能，所以也就没有为陷入困境的银行体系提供流动性的能力。因此，最后贷款人职责的行使央行是责无旁贷的，但是这项职能的行使是以充分了解银行的经营状况及风险水平为基础的。若央行没有微观的监管职能，则存在信息、权、责等不对称等现象，因而可以说央行在行使最后贷款人职能时将更多地依赖于银监会对银行困境与资金需求额度的判断，而非源于央行自身的判断，这容易引发新的道德风险；或者在另一方面，若银监会运用过于严格的监管标准，或援助请求过迟，则又有可能使援助错过防范银行风险的最佳时机。因此，我们可以下这样一个结论：在银监会设立后，央行在决定是否援用最后贷款人制度时已不是基于应有的“建设性模棱两可”原则，其更多地是基于银监会对被救助银行机构状况的说明及银监会自身的请求。同时，由于银监会的存在央行在该项职能的决策上也易滋生责任转嫁的心理效应，由此导致其决策时的审慎性被削弱，而非原有的市场中立姿态，这也是金融监管权剥离后所衍生的新问题。
