（二）公司章程条款违法以及混同公司法律规定的现象较为普遍
公司章程必须依法设立，公司章程所记载的事项不得违背法律和行政法规的强制性规定，不能故意为谋求公司利益而规避有关法律法规，不得严重违反社会公序良俗，这是公司章程制定的一个基本原则。[5]公司章程自我规定而绝不能以设立协议来排斥
公司法和公司章程的适用。[6]但现实中许多公司为了自身利益，往往违背法律法规制定公司章程。如设置条款剥夺或者变相剥夺股东对公司事务的知情权和质询权；限制和剥夺中小股东的固有权利等等。
由于违法的公司章程条款无效，这使得涉及公司章程的诉讼机会增加，从而导致公司经营管理成本的增加。另外，公司章程的制定还应当遵循不重复原则，所谓不重复原则是指对公司法已经作了明确规定的，该内容不得在章程中再作记载。[7]公司章程如果重复公司法律法规对公司组织与运作已作出明确规定的内容，则不利于凸显公司章程的作用。但是现实中公司章程雷同现象十分突出，基本重复《公司法》的有关规定，同一地区的公司章程，几乎所有的都如出一辙。[8]
（三）公司章程条款缺乏逻辑性和可操作性
不论是中国证券监督委员会发布的《上市公司章程指引》，还是工商行政部门的公司章程范本，包括市场上出版的一些公司章程范本，在设计公司章程条款时，都仅有行为模式条款的规定，而没有相应的后果模式条款。根据笔者的调查，现实中绝大部分公司的章程同样也是如此。法谚云，“无救济则无权利”。“无法兑现这些规范的授权性，鼓励性规定也无法处罚这些规范的命令性、禁止性规定的行为。”[9]缺乏后果模式不仅使得公司章程的义务性条款和禁止性条款形同虚设，而且使公司章程在面对公司与股东的争议、股东之间的争议、公司与高级管理人员的争议时形同废纸。同样，公司章程中的权利性条款也会因为失去了保障而被架空。公司章程条款的逻辑结构不完整导致了公司章程缺乏可操作性，使的公司章程容易被误认为是“花瓶”而被束之高阁。
（四）公司章程中权利义务条款设计不合理，公司章程纠纷增加
公司章程是股东等相关当事人利益博弈的结果，一份完善的公司章程应该在多方利益博弈中寻找到平衡。[10]公司章程应该由公司发起人之间平等协商制定。但现实中，有的发起人利用自己的资金等优势在制定过程中独断专行；有的发起人则不屑于公司章程的制定，甚至弃权。这样的公司章程必然不能完整的反映全体公司发起人的意志，从而为公司章程纠纷埋下伏笔。还有的公司章程对股东与董事之间的权利义务分配不均，例如有的公司章程对股东设定更多的权利条款，而对董事则设定更多的义务条款。根据笔者的调查，广州某股份有限公司关于董事一章的规定一共是17条，其中就有13条义务性的规定，而没有一条权利性的规定，诸如此类的现象还有很多。不合理的权利义务性条款极易引起相关当事人的不满，导致纠纷的发生，不利于公司的持续发展。现实中不断涌现的公司章程纠纷即是证明。
