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检察院对一般行政案件启动再审容易打破双方当事人平等对抗的格局。“凡抗必审”从而使另一方当事人面对的将不是普通的当事人，而是强大的检察机关，诉讼主体的地位严重失衡。其次，法院主动提起再审，自诉自审或诉审合一，与其自身作为消极中立、公正裁判的角色形成冲突，完全不符合“不告不理”、“诉审分离”的诉讼原则，实际上形成了审判权对诉权的监督与制约。“法院如果以职权主动启动再审程序，势必将自己推到再审结果有利的一方，而无法保持与双方当事人之间的等距，也难以吸收不利一方当事人的不满，有损法院的中立形象”这种法院内部对自己已生效的裁判不断地自我否定，不仅直接损害了法院判决的确定性、稳定性和权威性，使人们对法院的公正性产生了怀疑，而且为上下级法院关系的行政化提供了制度性依据。
可见，司法公正与司法权威、司法效率之间的矛盾必须协调，而协调的办法只有一个，那就是程序的公正，即公正必须以人们看得见的方式存在。这也是实体公正的基本保障。正如“分苹果”的经典问题：四个人分一个苹果，怎样才能分得公平？最优的答案就是让分苹果的那个人最后拿。这样谁也不会认为分得不公。这个问题反映的正是程序公正对于实体公正的重要意义，在程序公正的前提下，人们不会质疑实体的不公。因此，对行政再审制度的改革应当是在司法公正与司法权威、司法效率、司法民主兼顾的理念指导下，对再审程序进行重构。
四、我国行政再审程序的重构
我国行政再审制度的改革和完善应将以下几个方面作为切入点：首先要在立法指导思想上转变观念，协调好纠正错误与维护生效裁判既判力之间的冲突；其次要协调好国家监督权与当事人诉权、处分权之间的冲突，对再审启动的主体、条件、程序等进行严格界定，削弱再审程序中的超职权主义色彩；最后，构建以当事人申请再审为主、检察院抗诉为辅、法院居中裁判的再审诉讼运行模式。
（一）以“确信真实，依法纠错”为指导思想。
从保障当事人诉讼权利的角度出发，彻底摒弃传统上的错误认识，以程序正义为理念，构建我国新的行政再审程序，使之能够真正成为为当事人正当权利提供救济的诉讼机制。“确信真实”即人民法院和诉讼当事人在充分行使诉讼权利并履行诉讼义务的基础上予以确认并信赖的事实，其核心强调人民法院对客观真实的追求应当以当事人对事实认定的过程和结果的确认、信赖为限，使诉讼中认定的事实在得到程序充分保障的基础上“证据化或法律化”。“依法纠错”即用法律来界定“错误”的概念，强调纠正错误的程度是依法所能达到的权利救济的最大限度。通过法定程序来实现当事人权利救济的最大化。在维护生效裁判树立审判权威和纠正错误裁判实现社会正义之间找到一个最大的结合点。再审的价值除了纠正裁判错误，还有约束与限制国家公权力滥用等作用。只有科学权衡与妥善协调各种利益、价值之间的关系，再审制度的功能才能得到正确的发挥和实现。
（二）对启动再审的理由予以明确和具体化
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