针对这些问题，财政部1988年5月对原预算包干办法进行了修定，重新制定颁发了《
文教科学卫生事业单位、行政机关“预算包干”办法》，根据各类文教事业单位和行政单位机关的不同特点，规定了四种单位预算包干方式，并相应制定了四种预算包干经费的核定办法：（1）经费和任务挂钩，一年一定；（2）核定基数，比例递增；（3）包死基数，一定几年不变。这种做法的不足在于：当各种监督机制不是很健全的时候，很可能会导致个人对资源的侵吞。
1989年，经国务院批准，财政部颁布了《
关于事业单位财务管理的若干规定》，明确规定了对事业单位要根据不同的情况分别实行全额、差额、自收自支三种预算管理形式，加强了事业单位的财务管理。一是将事业收入全部纳入单位预算，与国家预算拨款统一核算，统一管理；二是改革现行预决算制度，事业单位的预决算不仅要反映国家预算拨款的情况，也要反映事业单位收入情况，防止收支两张皮；三是加强事业单位收入的核算工作，准确反映组织收入活动的收益情况，防止单位增收、财政增支、虚盈实亏现象发生。
1992年《中共中央、
国务院关于加快发展第三产业的决定》（中发[1992]5号文件）提出对事业单位的政策是：（1）实行‘谁投资、谁所有、谁受益’的原则，不能过多依赖国家投资。（2）实行企业化经营。“现有的大部分福利型、公益型和事业型第三产业单位要逐步向经营型转变，实行企业化管理。”以政府文件的形式肯认了事业单位企业化经营的行为。但是从现在的眼光看，不加细分地大规模鼓励本来以公益事业为固有职能的事业单位去创收赚钱，给社会公益事业带来不少负面影响：公权力和公益性的公共资源被商业化利用、有些行业的事业单位利用转型时期的某种垄断资源赚取超额利润、事业单位营利行为缺乏相应的法律调整等等（按照逻辑，事业单位一旦从事经营性行为，就应受到相关法律如税法、
反不正当竞争法的调整，但是由于从身份上还属于事业单位，使得这些法律无法适用）。
2．事业单位所在的如教育、医疗、科研、文化、传媒等行业开始允许非国有资本的进入。例如国家出台了《
社会力量办学条例》、《
民办教育促进法》《
中外合作办学条例》。
