曾经参与《
政府采购法》起草工作的北京大学财经法研究中心副研究员邓峰也认为，《
招标投标法》实施六年来，由于没有统一的主管机关，大多数情况下采购人、主管机关、监督机关都是同一主体，由此，相关的权力主体和社会中介机构扮演着不光彩的角色，导致我国公共采购领域里普遍存在商业贿赂、"黑箱操作"，众多官员纷纷栽倒在"工程"上。
"《
政府采购法》实施后，统一了货物、工程和服务的主管机关，也就是我国各级财政机关。但前后两部法律在主管机关方面还是存在着严重的抵触。"谷辽海说，前一部法律规定相关部委及其所属机构管辖各自的公共采购，即分散采购。后一部法律则以集中采购为主。为此，部委之间纷纷出台本部门的行政规章，从而造成部门之间的规章相互"打架"，导致公共采购监管疲软和执行不力。
中央财经大学教授徐焕东说，在政府采购的实际工作中，我国各地政府采购部门和行政监管部门是同时适用《
政府采购法》和《
招标投标法》的内容，但两部法律的主管机关、信息披露制度、回避制度、质疑程序、投诉程序、法律责任等内容均不相同。一旦发生争议，不论是行政主体，还是政府采购当事人在两部法律面前均会遭遇无所适从的局面。
《
招标投标法》出台后不久，即发生了全国首例政府采购案。2000年8月8日，农业部面向全国公开招标，开标后，有未中标的供应商对采购活动提出异议。但因为在当时的法律下，该项目的采购主体和监管主体都是农业部，造成诉讼中的踢皮球现象。没有明确有效的监管机关，是《
招标投标法》的一大弊病。
《
政府采购法》出台后，表面看弥补了一些漏洞，但并没有完全解决某些重要的实质问题。今年3月中旬，短短一周内，财政部两次因诸如"行政不作为"类的情由被两家公司诉至法院。财政部条法司一名官员称，这都是财政部在背政府采购法制体系不健全的"黑锅"。
