如果按照
行政诉讼法上对举证责任的分配，行政机关应当对具体行政行为的合法性负担举证责任，那么税务机关就应当对其确定该项个人所得税应纳税额这一行政行为的合法性承担举证责任。由于如前所述，确定应纳税额需要一个纳税收入减去减免扣除额的过程，那么税务机关在证明其行政行为的合法性时，不仅要证明纳税人个人所得的增加，即收入部分，还要证明所有的减免扣除事项，即减免扣除部分，这才是完整的举证责任负担。
但是，这样的推论结果会带来两方面的问题：一方面是税务机关证明减免扣除事项的可行性。有关减免扣除的情形一般属于个人事项，国家对个人信息的收集统计系统没有，也不可能发达到事无巨细，了如指掌的地步。另一方面从举证责任的内涵上来分析，可以推论出这样的分配完全背离了举证责任的内涵。如果由税务机关对减免扣除事项负担举证责任，当然是针对该事项的全部或部分不存在，那么当税务机关不能证明时，按照举证责任原理，应当由其承担举证不能的不利后果，它所要证明的事实不被法官认可，以该事实为要件的法律不能得到适用。而某一事项的不存在的反面是什么呢？一定是存在吗？还是有可能部分存在，部分不存在的。因此，在税务机关举证不能的情况下，即使否定它要证明的事实，也不能得出一个确定的事实，比如原告主张一笔伍万元捐赠款项的存在，由被告税务机关来负担该款项不存在的举证责任。当该项事实无法以证据使法官形成内心确信的时候，被告要承担败诉的风险，该捐赠款项不存在的事实将被否定。而此时是否就可以直接肯定原告的主张了呢？即使从最简单的逻辑推理，我们也可以得出该笔捐赠款项可能是伍万元，也可能仅有两万或三万元的结论。而举证责任本身具有的最大功能，即在事实不清的情况下给出一个推定的确定答案以达到解决纠纷，实现司法最后救济的功能就无法实现了。如果将减免扣除事项的举证责任分配给原告，由于诉讼发端于原告提出的相对于具有确定力的原税务机关征税决定的新主张，而且这个新主张是关于减免扣除事项存在的肯定性的主张，当原告不能负担举证责任时，法官不支持原告的主张，即是否定对原征税决定的变更请求，维持原征税决定
从举证责任的角度可以导出的另一个荒谬的结论是：如果由税务机关负担减免扣除事项的举证责任，就意味着主张该类事实的原告越是尽力的掩盖事实，甚至毁灭证据，让法院无法查清事实，案件的审理走向越是对其有利。
因此，对于所得税案件中减免扣除事项的举证责任，我们应该通过对税务诉讼本身特点的考察，将其与普通行政诉讼的举证责任加以区别，实行举证责任的倒置。本文将从比较法研究和税务诉讼本身特点的考察两个角度加以论述。
